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文件大小: 21mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-15
详细说明：CNN预测TMB
tsv文件用来计算TMB值（R脚本）膀胱癌——BLCA结肠癌——COAD直肠癌-阅读肝癌——LIHC四个文件夹分别为膀胱癌，结肠癌，肝癌和直肠癌代码，代码实体基本一致，仅文件读取。存储地址部分需要修改。其他内容可参考代码注释。运行顺序为
筛选器：筛选病理图像，保证每个病例都有对应的基因数据可以计算TMB值
tmb_threshold：R脚本根据tsv文件的基因数据计算每个案例的TMB值，根据折线回归法选取TMB阈值
splitDataset：根据上一步计算的阈值将所有病例分为高低TMB（标签），注意只挑选20倍放大的病灶区切图数据
splitTrainV：将数据分为训练集，验证集和测试集
model_train_46：训练
预测：预测
1.5。 get20x和4.5.splitTrainV_correct_local可省略，step1-4可在本地运行（需安装python
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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