文件名称:
ICAnet：独立组件分析解密功能模块，可实现更好的单元聚类和注释-源码
开发工具:
文件大小: 3mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-14
详细说明：基于独立成分分析的基因共表达网络推论（ICAnet）来解密功能模块，以实现更好的单细胞聚类和批次整合
互联网
我们在单细胞聚类中引入了独立成分分析（ICA），以将基因表达矩阵分解为许多独立成分。 每个独立的成分均以共表达模式为特征，并与某些有意义的生物学途径相关。 这种概念使ICAnet能够识别不同批次数据集之间的共享基因共表达模块。 基于这样的想法，即源自同一细胞类型的不同批次的scRNA-seq数据集不会显示出完全相同的基因表达模式，但关键的共表达模块通常倾向于保持相似的ICAnet对，从而使细胞具有相同的亚群在不同批次之间，无论其库类型，测序平台或其他影响如何。 ICAnet的这些功能使其在不同批次的scRNA-seq数据集的细胞聚类和整合分析中表现更好。
用法
有关用法示例和指导的演练，请检查存储库的vignettes目录。
相依性
来自Bioconductor的软件包：AUCel
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