文件名称:
HiC_pipeline：易于使用的Hi-C数据处理软件，支持分布式计算-源码
开发工具:
文件大小: 857kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-13
详细说明：运行HiC
runHiC是用于Hi-C数据处理的易于使用的命令行工具。
由于0.8.1版本，runHiC可以直接使用上通过酶名字为马数据。
从0.8.0版开始，runHiC将其默认数据容器/格式从HDF5更改为 and 。 （请参阅）
设计概念
runHiC旨在处理从原始测序读数（.sra，.fastq，.fastq.gz）到校正后的联系矩阵的Hi-C数据。 它当前包含5个子命令：
映射
将原始的双末端测序数据映射到提供的基因组。 支持bwa和minimap2。
过滤
执行读取级和片段级噪声消除
装箱
1，生成接触母体; 2.执行ICE
积累
执行从映射到合并的整个处理
质量
评估Hi-C数据的质量
链接
（在GitHub上，跟踪软件包问题）
（下载和安装）
用法
打开一个终端，键入runHiC -h和runHiC -h以获取帮助信息。
引文
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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