文件名称:
GPUKMM：用于宏基因组学的k-Markov模型的GPU实现-源码
开发工具:
文件大小: 39mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-13
详细说明：图形处理器
语言：CUDA
输入：TXT（输入值列表）
输出：TXT（最佳得分顺序列表）
经过测试：PluMA 1.0，CUDA 10
PluMA插件运行k-Markov模型（kMM），以针对一组给定的目标序列中的每一个，在一组宏基因组学序列数据上找到最佳匹配。
请注意，这是另一个插件（KMM）的GPU实现，对于测试的硬件配置，其运行速度可以快2-3倍。
插件希望输入包含三个数据的文件，每个数据都位于单独的行中：
（马尔可夫模型的阶数或k值）（数据库目录，其中包含序列每个位置的一组权重文件）（FASTA格式的输入文件，带有目标序列）
输出将是一个简单的表，每个目标序列包含一行，每行包含数据库中得分最高的序列名称及其得分值。
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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