文件名称:
TFmotif-counter：Python脚本，用于计算启动子区域中TF基序的出现-源码
开发工具:
文件大小: 10kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-13
详细说明：
TF基数计数器
Python脚本，用于计算查询基因启动子区域中转录因子结合位点（又名TFBS或基序）的出现情况； 还提供了相等大小的启动子随机样本中相同基序的计数。
快速概述
将python3与sys ， os ， gzip ， Bio ， random ， math和re 。 Bio处理序列数据。
输入是的DNA模式（图案）的列表来查找发起人（如promoters.txt文件）和基因列表搜索（如zea_mays_genes.txt ）。
照原样，您需要下载gff（例如Zea_mays.B73_RefGen_v4.48.gff3.gz ）和fasta.gz基因组程序集文件（可以在其他程序集上工作，但尚未尝试）。 将inpu文件和fasta文件夹与此脚本放在同一工作目录中。
命令行用法（unix）： python tf_motif_count.py
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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