文件名称:
DeCET：用于分析异构组蛋白修饰ChIP-seq数据集的代码-源码
开发工具:
文件大小: 2mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-13
详细说明：DeCET（表观基因组张量的分解和分类）
储存库内容
包含用于执行DeCET核心组件的脚本。
组蛋白修饰ChIP-seq数据集（或其他基因组信号数据集）格式化为PyTorch双张量。 ChIP-seq数据必须以床格式输入为对齐的单端读取。
获得ChIP-seq数据张量的高阶奇异值分解（HOSVD）。
缩放函数，用于实现ChIP-seq数据张量的比率中值（MOR）缩放。 特定于4阶张量，且在第一和第二索引上执行了MOR。 此缩放功能用于平滑肌瘤和乳腺癌数据集。
缩放函数，用于实现3阶ChIP-seq数据张量的比率中值（MOR）缩放。 对于第二索引的每个值，分别在第一索引上执行MOR缩放。 此缩放功能用于REMC和前列腺癌数据集。
用于分析结果的Python脚本和Jupyter笔记本。
一个Jupyter笔记本，用于分析平滑肌瘤和子宫肌层数据集的HOSVD投影。 该笔记本包含用于识
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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