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上传时间: 2021-02-12
详细说明：高级数据分析-NGS数据分析简介谢菲尔德大学动植物科学系
对齐Illumina RNA-seq数据
尼古拉·纳多Alison Wright
本实用程序的目的是学习如何将Illumina RNA-seq数据与参考基因组进行比对并组装转录本。 我们将使用Heliconius melpomene的多个个体的表达数据的数据集。
目录
准备参考基因组
对齐RNA-seq读数以供参考
可视化路线
评估贴图质量
汇总成绩单
实用-初始设置
首先，必须在ShARC中使用交互式会话来运行本教程。 您还将向Job提交作业。 为此，您应该使用ssh登录到ShARC，然后请求与qrsh进行交互式会话。 您的shell提示符应显示sharc-nodeXXX （XXX是介于001和172之间的数字），而不是sharc-login1或sharc-login2 。
对于此特定教程，我们align在/ fastda
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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