文件名称:
蛋白质-ss预测：机器学习的蛋白质二级结构预测-源码
开发工具:
文件大小: 4mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-11
详细说明：蛋白质二级结构预测
仅通过查看蛋白质的氨基酸序列即可预测二级结构。
概要：
所有氨基酸序列被合并
使用20个氨基酸及其3个二级结构（E，H和t）或8个二级结构
使用滑动窗技术
尝试使用21和13的窗口大小
中间氨基酸的二级结构用于靶结构
窗口中的每个氨基酸都翻译成一个热编码
窗口中所有氨基酸的一键编码连接在一起以获得21x20矩阵
每个单热编码矩阵解释为1通道黑白图像
类似图像的输入被提供给模型
使用CNN
尝试过RNN，LSTM或GRU，但对精度影响不大
/ trained-model下的用于预测3和8二级结构的训练模型
基准测试：
预测3个二级结构：％73
预测8个二级结构：％52
依存关系：
火炬
大熊猫
脾气暴躁的
Matplotlib
海生
scikit学习
火炬摘要
在Python 3.8.3 x64上测试
数据集：
可以移植到不同的数据集
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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