文件名称:
unseenbio_metaGEM-源码
开发工具:
文件大小: 7kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-11
详细说明：工作流程应用于样品
目的
展示如何使用metaGEM工作流，利用从看不见的生物在家测试试剂盒中获得的整个元基因组shot弹枪测序数据来探索人的肠道微生物组。 于2020年9月28日和10月21日发送了Unseenbio测试试剂盒进行测序，得到了两个101 bp的配对末端读段，其ID为S2772Nr1和S2772Nr3。
metaGEM工作流程
metaGEM设置
使用读取质量过滤器
组装
具有 ， 和
使用优化和重组垃圾箱
分类分配
和相对丰度
使用重建和评估基因组规模的代谢模型并进行
使用物种代谢耦合分析
使用估算增长率
与泛基因组分析
与和真核
硬件
该工作流在欧洲分子生物学实验室（EM
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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