文件名称:
MKpipeline：与Allison Shultz（ajshultz）和Tim Sackton（tsackton）合作进行的较大分析得出的MK Pipeline的最终版本-源码
开发工具:
文件大小: 20kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-09
详细说明：MK管线用于比较人群基因组学合作
筛选VCF，使用snpEff注释变体，生成MK表以进行下游分析，运行MK测试，SnIPRE并计算各种统计信息的管道。
作者：
萨拉·维奇克（Sara Wuitchik）（波士顿大学和哈佛大学博士后研究员； ）
艾莉森·舒尔茨（Allison Shultz）（洛杉矶自然历史博物馆鸟类学助理馆长； ）
蒂姆·萨克顿（Tim Sackton）（哈佛大学信息学集团生物信息学主任； ）
配置和设置
首先，设置一个conda环境，该环境将允许访问Snakemake，Python / R软件包，java和必需的命令行工具：
conda create -n mk -c bioconda snakemake cyvcf2 tqdm bcftools vcftools htslib java-jdk bedtools r-base r-tidyverse r-
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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