vartovcf：将VarDictVarDictJava的变体转换为VCF v4.2格式-源码伐他夫

文件名称: vartovcf：将VarDictVarDictJava的变体转换为VCF v4.2格式-源码

所属分类: 其它

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上传时间: 2021-02-08

提供者: weixin_********

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详细说明：伐他夫将VarDict / VarDictJava的变体转换为VCF v4.2格式。 ❯ VarDictJava/build/install/VarDict/bin/VarDict \ -b input.bam \ -G /references/hg38.fa \ -N dna00001 \ -c1 -S2 -E3 -g4 -f0.05 \ --fisher \ calling-intervals.bed \ | vartovcf -r /references/hg38.fa -s dna00001 \ | bcftools sort -Oz > variants.vcf.gz 产品特点与VarDict捆绑在一起的Perl脚本不同，此工具逐记录流式传输仅支持以仅肿瘤模式生成的变体记录的转换输出VCF记录未bcftools s

(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)

下载文件列表

压缩包 : 63996ca26bf19c3dc9f0c053c03b373c-vartovcf-main.zip 列表
vartovcf-main/
vartovcf-main/.github/
vartovcf-main/.github/workflows/
vartovcf-main/.github/workflows/rust.yml
vartovcf-main/.gitignore
vartovcf-main/Cargo.toml
vartovcf-main/LICENSE.md
vartovcf-main/README.md
vartovcf-main/docs/
vartovcf-main/docs/cover.jpg
vartovcf-main/src/
vartovcf-main/src/lib/
vartovcf-main/src/lib/fai.rs
vartovcf-main/src/lib/io.rs
vartovcf-main/src/lib/mod.rs
vartovcf-main/src/lib/progress_logger.rs
vartovcf-main/src/lib/record.rs
vartovcf-main/src/main.rs
vartovcf-main/tests/
vartovcf-main/tests/integration_test.rs
vartovcf-main/tests/nras.var
vartovcf-main/tests/nras.vcf
vartovcf-main/tests/reference.fa.fai