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上传时间: 2021-01-21
详细说明：在上一篇的文章里我详细介绍了BAM（SAM/CRAM）的格式和一些需要注意的细节，还说了该如何使用samtools在命令行中对其进行操作。但是很多时候这些操作是不能满足我们的实际需要的，比如统计比对率、计算在某个比对质量值之上的read有多少，或者计算PE比对的插入片段长度分布，甚至需要你根据实际情况编写一个新的变异检测算法等。这个时候往往难以直接通过samtools来实现【注】，而是需要编写专门的程序进行计算。因此，在这一篇文章里我们就一起来学习应该如何在程序中借助Pysam来处理BAM文件。
【注】关于统计比对率其实是可以通过samtools stats计算获得的。不过我们这篇文章不是为了
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