文件名称:
eva-opentargets:将ClinVar特征名称映射到本体术语并准备此信息以提交给OpenTargets的工作流程-源码
开发工具:
文件大小: 2mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-04-02
详细说明:如何提交开放目标批次
批处理提交过程包含两个主要任务,这些任务是异步执行的:
发行带有新特征名称的新ClinVar版本时,应大约每两个月执行一次特征名称的。 主证据字符串生成管道将使用此步骤的输出。
大部分是自动的,并且应针对每个“开放目标”批处理提交运行。
附加文档:
两个协议都需要能够运行
在正常情况下,批处理不需要,因为集群上已经存在管道的现有安装。 在以下情况下,这些说明是必需的:
安装较新的Python版本
干净地复制存储库并从头开始设置软件包安装
在非标准情况下运行管道,例如,当我们需要使用尚未发布的OLS版本时
:对代码进行任何重大更新后,一项重要的控制措施是使用相同的输入数据和新代码重新运行最新批次,然后进行比较以查看引入的更改是否正确。
背景资料
ClinVar
是人类临床相关遗传变异的数据库,由美国国家生物技术信息中心维护。 对于每个变体,它存储少量信息:
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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