文件名称:
cellranger_wrappeR:在带有Torque和Moab的群集中使用R的Cell Ranger包装器-源码
开发工具:
文件大小: 17kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-04-01
详细说明：细胞游侠包装
所有信息都进入配置文件（YAML格式）。 有一个示例（config.yaml），其中包含有关文件格式的注释。
有两个主要的R脚本：
demultiplexing_cells.R，集合和运行细胞游侠例程计数和VDJ在“fastqs_dir”各样品（和为“样品”中表示）。
Aggregate.R ，根据“ aggregation”。
您需要准备的文件是：
样本表（YAML文件中的“样本”）。 如果样本名称一致，可以避免使用，您可以使用它们从mkfastq / bcl2fastq输出中选择它们。 在这种情况下，您只能指定例如CD4，这将处理名称中带有“ CD4”的所有样本。 否则，您可以提供整个Illumina实验管理器（IEM）样本表。
功能参考[如果您具有功能条形码数据]（YAML文件中的“ feature_ref”）。 您可以为每个样本提供一张工作表，或添加带有模
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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