文件名称:
IR-calculation-from-MD-trajectory:从RNA低聚物的MD模拟计算IR光谱的示例代码-源码
开发工具:
文件大小: 5mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-04-01
详细说明：MD轨迹的IR计算
该项目包含我目前用于通过MD模拟计算IR光谱的代码。 我和我的同事们开发了核碱基羰基延伸区内的第一个频率图和耦合模型。 这些模型形成了一个完整的框架，使人们能够从MD模拟生成的坐标文件中预测振动哈密顿量。
要了解理论背景，请参考以下论文：
频率图的开发和IR计算：Y。Jiang和L. Wang，“核碱基振动频率图的开发”，《物理学报》。 化学B卷123号27，第5791-5804页，2019年。
耦合模型开发：Y。Jiang和L. Wang，“对核碱基的振动耦合建模”，J。Chem。 物理，卷。 152，没有。 8页。 084114，2020年。
在这个项目中，我包括了通过MD模拟计算红外光谱所需的所有代码。 此代码可以应用于包含多个相同的带有一级碱基的寡核苷酸链（AGCTU）的系统。 在这里，我以RNA寡聚物为例。 如果由于核糖和脱氧核糖之间的原子数差异而想要
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