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文件大小: 553kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-31
详细说明:AFPhyloMix:混合物的免组装系统发生学
AFPhyloMix是一种从短读序列中恢复单倍型系统发育的方法,该短读序列是使用合并的扩增子从个体混合物中获得的,而无需条形码。 AFPhyloMix接受读取序列与参考序列的比对,沿比对获得单核苷酸多态性(SNP)模式,并根据SNP模式构建系统进化树。 AFPhyloMix采用贝叶斯推断模型来估计单倍型的系统发育及其相对频率,前提是已知单倍型的数量。
安装
该软件是用C ++编写的,并且已经在Linux和MacOS平台上进行了测试。 您需要在计算机中安装C ++编译器才能编译源代码。 编译步骤如下所示(xxx是AFPhyloMix的版本):
$ tar -zxvf AFPhyloMix-xxx.tar.gz
$ cd AFPhyloMix-xxx
$ make
然后将显示一个可执行文件:AFPhyloMix。
句法
从SAM / BAM
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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