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文件大小: 3mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-30
详细说明：脊椎动物中的微染色体保护
贡献者：Hardip Patel，Paul Waters，Arthur Georges，Jenny Graves
资料准备
使用preparegenomes.sh脚本可自动执行该过程。 基本步骤如下。
从相关来源（NCBI或DNAZoo）下载了基因组程序集。 检查metadata/species.txt以获取种类和下载路径的详细信息。
.2bit ， .capsule ， .sizes文件已创建。
基因组文件被分成较小的区域（每个文件1Mb的序列大小和〜5Mb的总序列），没有重叠。 此步骤允许尴尬地并行进行lastz对齐，以利用大型HPC设施。
使用全基因组全基因组比对
我们为LastZ对齐使用以下参数： K=2400 L=3000 Y=9400 H=2000 --ambiguous=iupac
分析中包括的物种清单
物种
种类代码
通用名
NCBI分类I
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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