文件名称:
miREC:用于miRNA的错误校正工具以单碱基分辨率读取-源码
开发工具:
文件大小: 13mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-30
详细说明：miREC
一种用于miRNA的纠错工具以单碱基分辨率读取，该工具提出了一种结合kmers，（k-1）mers和（k + 1）mers的新型3层晶格结构，首次解决了纠正miRNA中错误碱基的问题。排序数据。 我们方法的新颖之处在于使用了三层（k-1）mer-kmer-（k + 1）mer晶格结构来维持kmers的频率差异。 该方法对于准确校正插入缺失误差特别有效。
我们的miREC是一种用户友好的工具，适合不同的研究需求。 它提供了一些参数供用户根据特定任务进行指定。 三个最有用的设置是：错误类型，频率阈值τ和kmer范围[k_1，k_end]。 我们的miREC有两种运行模式。 一种是仅用于替代误差校正，另一种是与现有的使用固定阈值的方法不同，miREC提供了一些选项来获得良好的阈值以识别错误的kmers，从而避免了数据集更改时的过度校正或性能不足。
miREC程序是用C ++ 1
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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