文件名称:
SNPsplit:等位基因特异性比对排序-源码
开发工具:
文件大小: 1mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-30
详细说明：等位基因特异性比对排序
有关将UCSC / NCBI基因组与Mouse Genomes Project的VCF文件结合使用的说明
当将UCSC或NCBI的基因组与Mouse Genomes Project（MGP， ）的VCF文件结合使用时，一些用户遇到了问题。 原因是MGP使用Ensembl的染色体坐标（即1, 2, 3, X, MT ），而UCSC使用的染色体名称看起来像这样： chr1, chr2, chr3, chrX, chrM 。
我们最近在SNPsplit基因组准备脚本中添加了一项检查，如果检测到染色体名称差异，该检查将自动生效（ ）。 但是，可以通过以下方式将VCF文件转换为UCSC兼容版本：（a）将染色体名称从例如1更改为chr1以及（b）在VCF文件头的ID字段中添加更改的染色体名称。 通常没有必要将线粒体的名称从MT更改为chrM因为无论如何都不会为MT记录SN
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