开发工具:
文件大小: 3kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-30
详细说明:deNovoTEsDmel
加载以下模块:
BEDTools / 2.27.1-foss-2018b
minimap2 / 2.11-foss-2016b
的Python / 3.7.2-GCCcore-8.2.0
遵循的步骤来转移TE和基因:
准备CDS和基因参考Fasta
python cds_gene_fasta_preparation.py
设置易记名称
wdir =工作目录菌株=菌株的基本名称(即STO-022)FastaPath =基因组组装的fasta文件的路径TEAnnotation =床格式的TE注释文件
从床文件中获取TE的Fasta序列
$ python bedTE2Fasta.py应变wdir TEAnnotation FastaPath
获取嵌套和串联TE的信息
$ python nested_tandem_TE_classification.py应变
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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