文件名称:
sc-autoencoding:Simon Streib的学生实习，以减少单细胞数据-源码
开发工具:
文件大小: 7mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-30
详细说明：sc自动编码
Simon Streib的学生实习，以减少单细胞数据
目的是使用自动编码器来减少维数或单核细胞转录组数据，然后将结果与基线（例如PCA，ICA，LSA，t-SNE，UMAP）进行比较。 使用了不同的自动编码器，分别称为BCA（基本计数自动编码器），DCA（降噪计数自动编码器，由Zheng等人创建的自动编码器）和SCA（西蒙计数自动编码器）。
可以通过克隆存储库，按如下所述下载输入数据，然后运行脚本“ 0_runner_bashscripts \ analyse_all.sh”来运行完整的管道，该脚本将调用所有其他脚本进行预处理，降维和评估。 请注意，整个项目预计将需要很长的运行时间（在100核处理器上运行约几天）。 根据可用的计算能力，可以通过允许循环使用“＆”并行运行，在\ cloned_dirctory \ 0_runner_bashscripts内的.sh文件中编辑并
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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