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下载次数: 0
上传时间: 2021-03-30
详细说明：传输点
该软件包旨在鉴定基因组中带注释和无注释的LINE1插入。
工作流程
1.提取有用的读物（ extract_reads ）
检索可能有助于推断插入的信息，包括不一致的信息，与内插序列比对的信息以及感兴趣区域的信息。
2.集群读取（ cluster_reads ）
MAPQ> = 10的读取被视为唯一映射并聚集在一起。
3.组装读取集群（ construct_contigs ）
对于组装步骤，应用了采用Overlaps-Layout-Consensus（OLC）方法的自写组装功能，以将读取簇中的读取组装为更长的重叠群。
4.注释构造的读取（ annotate_contigs ）
重叠群被注释到它们对齐的区域。 首先，将重叠群与目标序列（例如Hot LINE1的共有序列）比对。 然后，读取的未比对部分将在基因组附近进行下一个比对。 第一个比对用作收集所有目的序列的“诱饵”，第
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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