文件名称:
dca:深度计数自动编码器可对scRNA-seq数据进行消噪-源码
开发工具:
文件大小: 6mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-21
详细说明：深度计数自动编码器可对scRNA-seq数据进行消噪
深度计数自动编码器网络使用具有零膨胀负二项式（ZINB）损失功能的深度自动编码器，通过考虑计数结构，数据的过度分散的性质和稀疏性来对scRNA-seq数据进行去噪并消除丢失的影响。
有关更多详细信息，请参见我们的和。
安装
点子
对于count自动编码器和所需软件包的传统Python安装，请使用
$ pip install dca
conda
安装计数自动编码器和所需软件包的另一种方法是使用 （最容易通过）。然后运行以下命令。
$ conda install -c bioconda dca
用法
您可以从命令行运行自动编码器：
dca matrix.csv results
其中matrix.csv是CSV / TSV格式的原始计数矩阵，其基因位于行中，单元格位于列中。细胞和基因标签是强制性的。
结果
输出文件夹包含主输出文件（代表Z
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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