文件名称:
Bartelo-ANGSD-Final-Project-源码
开发工具:
文件大小: 9mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-21
详细说明：Bartelo-ANGSD-最终项目
到目前为止我们所做的3/20
将所有9个样本读取下载到SCU中
对所有9个fastq文件运行FastQC，并制作了multiQC报告。糖尿病小鼠似乎存在问题。
使用主程序集.gtf和.fa文件创建用于STAR比对的参考基因组。我们使用主程序集是因为Merv告诉我们这是一个好主意，并且可以在“下载并开始处理Alignment”文件中找到更好的解释。
使用STAR将参照序列比对读取。
对所有文件运行bamQC，发现没有错误值得我们关注。
在所有对齐文件和生成的多图QC pdf文件上运行QoRT。
看着IGV浏览器，确定的读段被困住了，因为它们都指向同一基因的相同方向。
接下来要做的事情：
在“计数读数”中概述的所有样本上使用featureCounts，并按照此处显示的课程注释将结果读入R，并创建所有图形以比较样本： : 还是C：\ Users \ nic
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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