文件名称:
rapids-single-cell-examples:使用RAPIDS加速单细胞基因组分析的示例-源码
开发工具:
文件大小: 14mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-20
详细说明：使用RAPIDS的GPU加速的单细胞基因组分析
该存储库包含示例笔记本，演示了如何使用进行GPU加速的单细胞测序数据分析。
RAPIDS是一套开源Python库，可通过GPU加速来加快数据科学工作流程.RAPIDS库从单单元格计数矩阵开始，可用于执行数据处理，降维，聚类，可视化和比较细胞簇。
我们的几个示例均受启发，并基于格式。目前，我们提供了scRNA-seq和scATAC-seq的示例，并且已扩展到100万个细胞。我们还将展示如何创建基于GPU的交互式浏览器内可视化工具，以探索单细胞数据集。
单细胞基因组学研究的数据集规模正在增加，目前已达到数百万个细胞。借助RAPIDS，可以轻松地以交互方式实时地分析大型数据集，从而实现更快的科学发现。
安装
Docker容器
包含所有依赖项，笔记本和源代码的容器可从。
请执行以下命令以启动笔记本电脑，并按照日志中的URL打开Jupyter We
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