说明:gg
泛基因组图构建器
该pangenome图构建管道将序列的集合渲染到pangenome图中(在变异图模型中)。它的目标是建立一个局部有向图和无环图,同时保留大范围的变化。保持局部线性对于全景基因组变异图的解释,可视化和重用很重要。
它分为三个阶段:
或 :(对齐)-它们是概率mash-map映射器。两者都使用mashmap来获得近似映射,然后应用以得出每个映射的比对。他们的基本级对齐算法不同:edyeet是基于的映射器,而wfmash使用。这些映射器用于给定长度的基因组片段,并具有指定的最
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