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文件大小: 12kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-25
详细说明：Snakemake管道用于处理囊性纤维化分离物以进行噬菌体发现和评估
设置
建议创建新的conda环境，以帮助避免conda包装冲突
conda create -n cfphage_pipe -c bioconda snakemake conda=4.8.4
conda activate cfphage_pipe
用法
对于质量控制
snakemake --use-conda --latency-wait 10 --keep-going --cores 30 qc --configfile config.yaml
用于QC +组装
snakemake --use-conda --latency-wait 10 --keep-going --cores 30 assemble --configfile config.yaml
用于QC +组装+抛光
snakemake --use-con
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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