文件名称:
mycosnp-bwa-pre-process:该工作流程使用BWA准备和对齐样品，以使用MycoSNP GATK工作流程进行变体调用-源码
开发工具:
文件大小: 28kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-21
详细说明：MycoSNP：BWA预处理
概述
该存储库包含MycoSNP BWA预处理工作流，该工作流由十个步骤组成：
如果提供了多个通道，则合并FASTQ文件通道。
使用SeqTK 1.3将FASTQ文件样本降低到所需的覆盖率或采样率。
修剪使用FaQC 2.09读取并评估质量。
对齐FASTQ使用BWA 0.7.17读取参考。
使用SAMTools 1.10对BAM文件进行排序。
使用Picard 2.22.7在BAM文件中标记并删除重复项。
使用Picard 2.22.7“ CleanSam”清洁BAM文件。
使用Picard 2.22.7“ FixMateInformation”修复BAM文件中的配合信息。
使用Picard 2.22.7“ AddOrReplaceReadGroups”将读取的组添加到BAM文件。
使用SAMTools 1.10索引BAM文件。
要求
在安装和运行此工作流程
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
相关说明
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