文件名称:
Progenepredict:该存储库包含基于python的Progenepredict程序，该程序基于开放阅读框和Shine-Dalgarno序列在原核基因组中进行了新基因预测-源码
开发工具:
文件大小: 20kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-20
详细说明：Progenepredict自述文件
Progenepredict软件基础：
Python编程语言（v3.9.2）
用于数组计算的软件包NumPy（v1.20.1）
简介和工作流程
介绍：
Progenepredict是原核基因组中从头基因预测的工具。它的预测过程基于调查所有阅读框，以了解在其起始密码子附近带有Shine-Dalgarno（SD）序列的开放阅读框（ORF）的存在。
工作流程：
输入文件： FASTA文件，其中包含与原核基因组正向链（5'至3'）相对应的序列。
程序：
1.反向补体链是基于前导链创建的
2.使用以下机制在前导链上进行三步迭代，以扫描ORF。对于每个阅读框：
2.1当前密码已创建
2.2评估密码子是否为：
SD序列后的起始密码子（通过采用Smith-Waterman序列比对算法进行评估）
终止密码子
以上都不是
连续执行第二步，直到找到识别与编码序列相
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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