文件名称:
popHap_simulations:运行模拟以进行人口单体型-源码
开发工具:
文件大小: 150kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-19
详细说明：模拟
此仓库的目的是允许用户在一系列多样性条件下模拟我们的“人口单体型”管道。我们在此使用的重点示例来自Heliconius erato系统。
从广义上讲，此模拟方案创建了一组具有不同单倍型的二倍体个体，并允许它们之间进行重组。然后，它针对每个单倍型模拟短读（具有罕见的测序错误），并针对规范的参考基因组装配进行映射。一个单独的Perl脚本将模拟分子（每个分子均由beadTag的SAM标签“ BX”标记），然后从映射的读取集（作为BAM文件）中进行选择，以形成链接的读取。然后将成对的带有BX标签的单倍体BAM文件合并为二倍体BAM。
此时，可以选择对BAM文件集进行分子子采样（ BX标签），以反映变化的测序范围。
然后，由STITCH处理带有BX标签的整个二倍体BAM文件的整个集合（可选地二次采样），以执行总体水平的统计定相，基因分型和插补。此处的特定参数可以修改，但在此处进行设置以复制用于
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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