文件名称:
omega_analysis:滑动窗dnds分析-源码
开发工具:
文件大小: 8mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-19
详细说明:omega_analysis
我们将研究果蝇系统发育中多个基因的滑动窗口的dN / dS比。
我们将使用codeml从,以便做到这一点。
CPR本地路径: /Users/rele.c/Downloads/omega_analysis
添加文件
在model_data ,使用您的基因名称创建一个目录,确保它是唯一的。
在您的基因中建立以下子目录:
ctl_files :空,运行需要
images :包含图片的TIFF
raw_data :包含模型的原始数据。
每个文件的raw_data将包含两个文件,一个是的MSA aln ,另一个是nwk的树的子集。
请将您的aln文件命名为: .msa.aln 。在文件中,请确保从标头中删除基因名称和转录本。唯一的名称应该是程序集的名称。
请将您的nwk文件命名为: .nwk 。我们可能必须更改nwk的格
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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