开发工具:
文件大小: 2mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-18
详细说明：S 3 N 2 Bin（用于宏基因组划分的半监督暹罗神经网络）
注意：此工具仍在开发中。欢迎您尝试一下，并感谢您的反馈，但是请期待一些错误/快速更改，直到它稳定下来。
使用参考基因组中的信息进行半监督深度学习的宏基因组划分的命令工具。
安装
S 3 N 2 Bin在Python 3.6-3.8上运行，需要才能从bam文件计算深度。
从源安装
您可以从github下载源代码并按标准安装
python setup.py install
例子
简易的单/共装箱装箱模式
您将需要以下输入：
一个contig文件（在下面的示例中为contig.fna ）
映射中的BAM文件
您可以用一行代码获得结果。 single_easy_bin命令可用于单样本和联合装箱分箱模式（使用mmseqs和GTDB参考基因组进行重叠群注释）。 single_easy_bin包括以下部分： predict_taxono
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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