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下载次数: 0
上传时间: 2021-03-17
详细说明：用于生成FEP计算输入文件的BioSimSpace协议和脚本。
用于自由能量计算的文件设置
01）蛋白质设置：
与AMBER一起使用：
给定pdb格式的蛋白质的四个片段，我们将使用BioSimSpace的脚本通过ff14SB琥珀色力场对它们进行参数化。
安装BioSimSpace（ ），从现在开始使用BioSimSpace python（〜/ biosimspace.app / bin / ipython）运行以下命令：
为每个蛋白质片段生成AMBER参数化的.rst7和.prm7文件： run ./parameterise.py --input FILE.pdb --forcefield ff14SB --output FILE
合并蛋白质片段以获取完整蛋白质： run ./combine.py --system1 FILE_1.prm7 FILE_1.rst7 --syst
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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