文件名称:
CRISPR_Cancer_Chromatin_State_Activity:使用CRISPR评估癌细胞系的染色质状态活性-源码
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下载次数: 0
上传时间: 2021-03-16
详细说明：CRISPR_癌症_染色质_状态_活动
使用CRISPR评估癌细胞系的染色质状态活性
作者：蒂莫西·费希尔
PI：Jason Ernst博士
导师：Tevfik Umut Dincer，Shan Sabri
合作者：Heather Han
抽象的
基于CRISPR-Cas9的表观遗传调控元件筛选（CERES）是一种在原始基因组范围内测量调控元件活性的检测方法; 与异位记者检测（如大规模平行记者检测（MPRA））相反，后者可以捕获原始基因组背景之外的激活和抑制。 CERES利用Cas9酶和一段称为向导RNA的RNA来对基因组进行靶向修饰并量化其作用。 MPRA和CERES均能定量读出顺式调节元件的某些功能活性，但它们在染色质状态注释方面的相关性仍不清楚。 我们使用来自25状态扩展ChromHMM模型的染色质状态注释来量化CERES分析的区域对每种染色质状态的活性。 我们假设，如果存在相同M
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