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  1. springer-宏基因组-方法和步骤

  2. 这是一本关于宏基因组分析的方法和步骤介绍的书籍

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2017-07-20
    • 文件大小：7mb
    • 提供者：u011350251

  1. 基于宏基因组分析四川泡菜母水作引子的泡菜发酵过程中细菌多样性变化

  2. 基于宏基因组分析四川泡菜母水作引子的泡菜发酵过程中细菌多样性变化，佟婷婷，田丰伟，。四川泡菜是一种优良的传统发酵食品。研究以泡菜母水作引子的蔬菜发酵过程中细菌多样性变化，对于控制泡菜质量和泡菜中功能性细

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-02-26
    • 文件大小：581kb
    • 提供者：weixin_38563871

  1. 基于宏基因组学技术分析污水处理系统中耐药基因和可移动遗传元件分布与丰度

  2. 基于宏基因组学技术分析污水处理系统中耐药基因和可移动遗传元件分布与丰度，赵福正，张徐祥，本文应用PCR、实时定量PCR、Illumina高通量测序等技术调查了城市污水处理系统中耐药基因（ARGs）和可移动遗传元件（MGEs）的分布特征。PC

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-02-09
    • 文件大小：661kb
    • 提供者：weixin_38624519

  1. 宏基因组学和未培养微生物

  2. 宏基因组学和未培养微生物，陈金华，贺闽，自然界中约有99％的微生物在当前的条件下不可培养，这使微生物资源的开发利用受到了限制。宏基因组技术不通过微生物纯培养而直接�

  3. 所属分类：其它

  1. 16S rRNA序列分析技术在微生物宏基因组中的应用

  2. 16S rRNA序列分析技术在微生物宏基因组中的应用，刘文俊，张春林，本文对近几年来广泛应用于微生物分类、鉴定等研究领域的宏基因组技术进行了综述，尤其对基于16S rRNA基因序列分析等分子标记技术如�

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-01-03
    • 文件大小：362kb
    • 提供者：weixin_38685832

  1. 蓝藻绽放的元基因组数据分析的当前趋势

  2. 蓝藻有害藻华大量繁殖对全球淡水生态系统构成重大威胁。 为了应对这种威胁，全世界已经对淡水湖泊和河流中的蓝细菌水华进行了研究。 这篇评论提出了对蓝藻水华研究的忽视。 常规研究主要集中在研究影响水华的环境因素，但由于缺乏对微生物群落结构的了解而受到局限。 元基因组学研究提供了对开花时蓝细菌内部群落结构的洞察力，并且有研究人员报告说，序列数据比环境因素更好。 这进一步证明了宏基因组学研究的重要性。 但是，后者的数量似乎仅限于呈现微生物群落多样性和结构的快照。 这种类型的研究非常有价值且很重要，同时致力

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-06-04
    • 文件大小：659kb
    • 提供者：weixin_38667403

  1. 宏基因组 metagenome_知识图谱.xmind

  2. 本图谱根据《肠道菌群与妊娠期糖尿病相关性的研究进展》一文进行整理，主要有宏基因组的介绍、肠道菌群分类、功能以及应用层面介绍了关于如何通过检测发现肠道菌群与糖尿病、妊娠糖尿病以及肥胖和免疫之间的关系。不过对于庞大的宏基因组而言只此也仅为冰山一角，因此后续将不断迭代更新。欢迎下载及提意见。

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2020-11-26
    • 文件大小：204kb
    • 提供者：devshilei

  1. 宏基因组注释和可视化神器MEGAN入门

  2. 文章目录MEGAN-宏基因组功能和物种分类MEGAN功能简介原理简要示意图MEGAN特有文件格式：RMAMEGAN下载MEGAN使用MEGAN（linux版本安装）MEGAN使用指南（Linux）提取注释内容（物种和功能）：提取物种注释数据：提取功能：Win版安装和使用MEGAN安装Win版使用指南MEGAN主界面介绍MEGAN输入介绍MEGAN分析进阶双样本比对MEGAN界面可视化-两样本（.rma）比对物种信息可视化功能信息可视化数据导出MEGAN多个样本分析方案猜你喜欢写在后面 有时间可以

  3. 所属分类：其它

  1. MinimalSeedSets:从宏基因组学样品中确定最少的种子集-源码

  2. MinimalSeedSets:从宏基因组学样品中确定最少的种子集

  3. 所属分类：其它

  1. MetagenomicsClient:策划宏基因组学的API客户端-源码

  2. 元基因组学客户端 策划宏基因组学的API客户端 docker run --rm --init -it --user= $( id -u ) : $( id -g ) --volume " $HOME : $HOME " --volume= " /etc/group:/etc/group:ro " --volume= " /etc/passwd:/etc/passwd:ro " --volume= " /etc/shadow:/etc/shadow:ro " --volum

  3. 所属分类：其它

  1. VirMC:从宏基因组样本中预测病毒序列-源码

  2. 虚拟计算机 从宏基因组样本中预测病毒序列 VirMC：用于从宏基因组样品或组装的宏基因组重叠群中预测病毒序列的软件包 版本：1.1 作者：宋凯 维护者：Kai Song 描述 该软件包提供了一些功能，可以计算成对的读取和组装的重叠群的k元组的出现次数。 基于马尔可夫模型计算读段或重叠群属于病毒基因组的可能性。 因此，该软件包提供了以下功能 （1）计算每个重叠群和读取的k元组的出现次数； （2）计算每个重叠群的可能性，并基于马尔可夫模型进行读取。 依存关系 VirMC执行需要pytho

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-09
    • 文件大小：84mb
    • 提供者：weixin_42175035

  1. metagenomicsTools：用于宏基因组分析的工具-源码

  2. metagenomics工具 宏基因组学分析工具 该软件包是免费软件。 您可以重新分发它和/或 根据GNU通用公共许可证的条款对其进行修改 由自由软件基金会（Free Software Foundation）发布； 任何一个版本2 许可，或（根据您的选择）任何更高版本， 前提是任何使用均归功于作者。 分发该程序是希望它会有用， 但没有任何保证； 甚至没有默示的保证 特定目的的适销性或适用性。 见 有关GNU通用公共许可证的更多详细信息， * * * /

  3. 所属分类：其它

  1. 宏基因组学流水线阶段模板-源码

  2. 元基因组学管道-阶段模板 要求 创造新阶段 cookiecutter https://github.com/horothesun/metagenomics-pipeline-stage-template cd cat How-to-integrate-the-stage.md 并按照步骤将其与您的项目集成。

  3. 所属分类：其它

  1. sn-mg-pipeline：Snakemake管道，用于基本处理实验室中的宏基因组数据-源码

  2. Moeller Lab宏基因组学处理流程 Snakemake管道用于基本处理实验室中的宏基因组数据。

  3. 所属分类：其它

  1. MetaSpark：一种基于火花的分布式处理工具，可募集宏基因组读段以参考基因组

  2. MetaSpark：一种基于火花的分布式处理工具，可募集宏基因组读段以参考基因组

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-26
    • 文件大小：185kb
    • 提供者：weixin_38659805

  1. Jovian：Metagenomicsviromics管道专注于自动化，用户友好性和清晰的审核记录。 Jovian的目标是使古典生物学家和湿实验室人员能够在没有生物信息学专业知识的情况下自行进行宏基因组学，病毒学分析-源码

  2. 乔维安用户友好的Viromics工具包 对于引用，请使用以下DOI： 请参阅文档： 或查看示例笔记本： 重要提示：手稿正在准备中 目录 关于朱维安 Jovian是一种公共卫生工具包，可以将来自人类临床基质（粪便，血清等）的原始NGS数据自动处理为临床相关信息。 它具有三个主要组成部分： 基于Illumina的元基因组学： 包括（除其他功能外）数据质量控制，组装，分类学分类，病毒分型和少数派变种鉴定（准种）。 :memo: 有关更多信息，请参考的。 基于Illumina的参考对齐

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-20
    • 文件大小：196kb
    • 提供者：weixin_42114645

  1. partie：PARTIE是一个程序，用于将序列读取档案（SRA）宏基因组学数据划分为扩增子和shot弹枪数据集。 用户提供的数据集注释不可信，因此PARTIE允许自动分离数据-源码

  2. 派对 PARTIE是将序列读取档案（SRA）宏基因组学数据划分为扩增子和shot弹枪数据集的程序。 用户提供的数据集注释不可信，因此PARTIE允许自动分离数据。 PARTIE对数据进行子采样，测量与序列相关的几个不同参数，并使用这些参数基于经过训练的随机森林对序列进行分类。 当前，PARTIE根据以下数据对数据进行分类： percent_unique_kmer：序列的百分比由唯一的k -mers表示 percent_16S：与16S基因相似的序列百分比 percent_phage：与噬菌

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-17
    • 文件大小：19mb
    • 提供者：weixin_42110469

  1. 宏基因组活性书-源码

  2. 元基因组活动书 此回购旨在用作入门级元基因组学学习者或教师的资源。 对于宏基因组学领域的新手，这些活动以非常低技术的，对初学者友好的风格传达了基础知识。 通过消除编码和软件使用的压力，宏基因组学工作流背后的广泛思想可以更轻松地传达，这为学习者提供了从知识能力的角度寻求随附软件工具的空间，而不是被太多的新事物淹没。 这种方法还基于这样的思想：人们以许多不同的方式学习，并且多种信息传递模式可以增强理解。 和使用了类似的方法来开发宏宏的基因组学教学工具，尽管很遗憾，他们的创作已不再可用。 可以单独打

  3. 所属分类：其它

  1. GPUKMM：用于宏基因组学的k-Markov模型的GPU实现-源码

  2. 图形处理器 语言：CUDA 输入：TXT（输入值列表） 输出：TXT（最佳得分顺序列表） 经过测试：PluMA 1.0，CUDA 10 PluMA插件运行k-Markov模型（kMM），以针对一组给定的目标序列中的每一个，在一组宏基因组学序列数据上找到最佳匹配。 请注意，这是另一个插件（KMM）的GPU实现，对于测试的硬件配置，其运行速度可以快2-3倍。 插件希望输入包含三个数据的文件，每个数据都位于单独的行中： （马尔可夫模型的阶数或k值）（数据库目录，其中包含序列每个位置的一组权重文

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：39mb
    • 提供者：weixin_42175776

  1. 宏基因组大数据分析的质量控制流程规范

  2. 宏基因组数据具有数据量大、复杂度高的特点，从数据类型来看，其涵盖了元数据和测序数据。为了保证宏基因组数据后续功能分析的有效性和正确性，需要对这些元数据和测序数据进行严格的质量控制检测。详细描述了宏基因组数据的质量控制流程，包括元数据和测序数据的信息检查、低质量片段的过滤等过程，从而为宏基因组数据分析提供了预处理的规范，这将为微生物组大数据分析提供坚实的基础。

  3. 所属分类：其它

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