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搜索资源列表

  1. Globin-like蛋白质折叠类型识别

  2. 蛋白质折叠类型识别是蛋白质结构研究的重要内容. 以SCOP中的Globin-like折叠为研究对象，选择其中序列同一性小于25%的17个代表性蛋白质为训练集，采用机器和人工结合的办法进行结构比对，产生序列排比，经过训练得到了适合Globin-like折叠的概形隐马尔科夫模型(profileHMM)用于该折叠类型的识别. 以Astral1.65中的68057个结构域样本进行检验，识别敏感度为99.64%，特异性100%. 在折叠类型水平上，与Pfam和SUPERFAMILY单纯使用序列比对构建的

  3. 所属分类：专业指导

    • 发布日期：2009-05-11
    • 文件大小：4mb
    • 提供者：growking

  1. 并行遗传退火算法（英语版）

  2. In view of the local search ability of simulated annealing algorithm, a parallel algorithm combining with simulated annealing algorithm and genetic algorithms was proposed, which can overcome premature convergence and find global optima more efficie

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2009-09-24
    • 文件大小：317kb
    • 提供者：chen_si_cheng

  1. NAMD入门教程

  2. 1. 分子动力学模拟概论 1.1 分子动力学模拟的发展 1.2 分子动力学模拟的基本原理 1.3 分子动力学模拟相关软件 2. 分子动力学入门 2.1 基本设置 2.2 生成蛋白质结构文件（PSF） 2.3 蛋白质的溶质化 2.4 球状水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.5 立方水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.6 简单的结果分析 3. 分析方法 3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1 每个残基的RMSD值 3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼（Maxwe

  3. 所属分类：专业指导

    • 发布日期：2013-05-14
    • 文件大小：1mb
    • 提供者：u010696678

  1. 家蚕HSP10基因的表达、纯化及抗体制备

  2. 家蚕HSP10基因的表达、纯化及抗体制备，梁飞，程晨，HSP10是一种小分子热休克蛋白，在蛋白质的正确折叠、组装及防止热诱导的蛋白质聚集等方面发挥重要功能。本研究采用RT-PCR法从家蚕卵�

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-02-12
    • 文件大小：380kb
    • 提供者：weixin_38723236

  1. 蛋白质多态解折叠行为与稳定性，III解折叠机理与物种分布

  2. 蛋白质多态解折叠行为与稳定性，III解折叠机理与物种分布 ，宋昀奚，名洁，基于结构基元模型，由n个不同结构基元组成的蛋白质或酶，化学变性剂诱导的解折叠曲线表现为(n+1)态，其解折叠过程可按照

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-01-29
    • 文件大小：385kb
    • 提供者：weixin_38622227

  1. 软物理论文

  2. 软物理论文.doc 蛋白质折叠的研究，是生命科学领域的前沿课题之一。本文就蛋白质折叠研究的背景作简要概况。根据Anfin-sen原理，蛋白质分子的一级结构决定其高级结构，蛋白质折叠的研究，就是研究蛋白质特定三维空间结构形成的规律、稳定性和与生物活性的关系。蛋白质分子的氨基酸顺序决定于DNA中的遗传密码，而蛋白质三维空间结构的形成可以说是由折叠密码(folding code),即“第二遗传密码”决定的。当我们从不同的的角度来分析蛋白质的折叠进时将会发现它有不同的折叠机理。细胞内的蛋白质折叠是一个

  3. 所属分类：专业指导

    • 发布日期：2011-12-05
    • 文件大小：79kb
    • 提供者：study1000

  1. 基于钙调蛋白的融合蛋白系统的开发和应用，用于WW和锌指模块的表达和纯化

  2. 智人的钙调蛋白是一种α-螺旋钙结合蛋白，可在大肠杆菌中高水平表达。 当钙调蛋白变体的N末端与Ca2 +结合时，它会发生构象变化，从而暴露疏水口袋。 该性质可用于纯化目的，因为这些口袋以高亲和力结合到苯基琼脂糖树脂上。 用EDTA洗涤螯合蛋白质中的Ca2 +离子，诱导构象变化回到更折叠的状态，并从色谱柱上洗脱蛋白质。 我们在本文中描述了使用钙调蛋白变体和短连接子的蛋白表达和纯化技术，用于通过突变的NIa-Pro烟草蚀刻病毒蛋白酶进行蛋白水解切割。 我们已经表明，该方法可用于获得纯化数量的各种小蛋白

  3. 所属分类：其它

  1. rosetta-at-home:为Covid折叠-使用旧笔记本电脑，Raspberry Pi或其他备用计算机帮助应对COVID-19大流行-源码

  2. 为Covid折叠-通过Rosetta home帮助对抗COVID-19 随着最近的COVID-19爆发，R h已被用于预测对该疾病重要的蛋白质的结构以及产生新的，稳定的微型蛋白质，这些蛋白质可用作潜在的治疗方法和诊断方法，例如上面显示的一种。绑定到部分COVID-19穗蛋白。 该项目旨在让您以最少的精力使用尽可能多的设备来启动和运行。如果要手动部署和运行此项目，请继续阅读，如果要将设备添加到全球机队，请继续 硬件兼容性 该项目应在具有1 GB或更多GB RAM的64位OS设备上运行，但我们已

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-20
    • 文件大小：464kb
    • 提供者：weixin_42165018

  1. 用于蛋白质折叠的多群混沌粒子群优化

  2. 用于蛋白质折叠的多群混沌粒子群优化

  3. 所属分类：其它

  1. HYBP_PSSP：一种预测蛋白质二级结构的混合反向传播方法

  2. 即使方法已经成熟，二级结构的预测也是生物信息学领域的重要课题，并且算法的开发远没有十年前活跃。准确的预测本身对生物学家来说非常有用，但值得指出的是，它也是三级结构预测的重要组成部分，相比之下，三级结构预测还远未解决，并且仍然是活跃的研究领域。另外，序列比较方法最近结合了局部结构轨道。新方法利用的额外信息已导致折叠识别和对齐精度的显着提高。本文提出了一种蛋白质二级结构预测的新方法。利用氨基酸的理化特性中包含的进化信息，由PSI-BLAST和HMMER3谱生成的位置特异性得分矩阵作为混合反向传播系统

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：878kb
    • 提供者：weixin_38548421

  1. CAMK1磷酸肌醇信号介导的人肝细胞癌（HCC）中的蛋白质分选和运输网络。

  2. 我们数据分析并构建了高表达CAMK1磷酸肌醇信号介导的蛋白人肝细胞癌（HCC）的分选和转运网络与低表达相比（折叠使用基因整合，在GEO数据集中更改C2）无肿瘤肝炎/肝硬化组织（HBV或HCV感染） 基因本体的基因调控网络推理方法我们的结果表明CAMK1传输子网上游KCNQ3，LCN2，NKX2_5，NUP62，SORT1，STX1A激活的CAMK1和下游CAMK1激活的法新社，ENAH，KPNA2，SLC4A3； CAMK1信号子网上游BRCA1，DKK1，GPSM2，LEF1，NR5A1， N

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-16
    • 文件大小：319kb
    • 提供者：weixin_38548231

  1. 2021-Project-86：通过自然语言处理学习共同进化信息以解决蛋白质折叠问题-源码

  2. 2021-Project-86 通过自然语言处理学习协同进化信息，以进行蛋白质折叠问题项目。 学生：MIPT Zverev Egor 顾问：Ilia Igashov，MIPT / INRIA 专家：INRIA的谢尔盖·格鲁迪宁（Sergei Grudinin）/格勒诺布尔阿尔卑斯大学

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-04
    • 文件大小：220kb
    • 提供者：weixin_42157556

  1. MetaOdysseus：R包，用于基于质谱的富含半胱氨酸的金属结合蛋白的结构分析-源码

  2. 元奥德修斯 MetaOdysseus是一种R软件包，专门用于本机MS，自下而上和自上而下的实验，旨在： 测定金属对蛋白质的化学计量。 金属结合位点的鉴定和配位金属离子的Cys残基的定位。 蛋白质结构和折叠分析。 MetaOdysseus地址：-电荷状态反卷积。 -统计评分。 -蛋白质复合物的质量分配。 以下各节将举例说明在（doi :)中发布的一些示例 在R中安装 install.packages("devtools") devtools::install_github("Manue

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-02
    • 文件大小：94kb
    • 提供者：weixin_42172204

  1. SOFM-Top：基于序列顺序频率矩阵的蛋白质远程同源性检测和折叠识别

  2. SOFM-Top：基于序列顺序频率矩阵的蛋白质远程同源性检测和折叠识别

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-02
    • 文件大小：419kb
    • 提供者：weixin_38637093

  1. 玉米小斑病叶片生化变化的红外光谱分析

  2. 利用红外光谱技术分析感染小斑病的玉米叶片，获取了染病玉米叶片的分子结构信息，研究结果表明真菌病原体对叶片中的蛋白质结构有一定的影响。二维相关红外光谱分析结果显示，健康玉米叶片中蛋白质二级结构的β-折叠构象随着玉米叶片的生长代谢发生变化，而染病玉米叶片中发生变化的是β-转角构象。二维相关红外光谱可以揭示真菌病原体入侵时玉米叶片分子结构的变化情况，为玉米病害的防治提供参考。

  3. 所属分类：其它

  1. BioX：探索使用变压器对蛋白质折叠生物信息学进行预训练的BERT-源码

  2. BioX 探索使用变压器对蛋白质折叠生物信息学进行预训练的BERT

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-16
    • 文件大小：604kb
    • 提供者：weixin_42100129

  1. 平地：更容易开发聚合物结构预测工具-源码

  2. 平原 | 更容易开发聚合物结构预测工具 用于蛋白质结构预测的现代神经网络方法的开发和调试可能会有些复杂。 在这里，我们提供了一个框架Flatland，用于模拟当前最先进系统使用的形式的训练数据集。 所执行的中心任务是进化一组聚合物序列，预测其折叠结构，生成距离矩阵和键角张量，并计算全聚合物化合物或其他聚合物相互作用可能性的光谱（模拟蛋白质-蛋白质和化合物-蛋白质相互作用数据集） ）。 该框架有意以高度简化的方式执行此类模拟，无法准确地模拟真实的生物过程。 相关地，它提供了将问题简化到任意程度的

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-14
    • 文件大小：82kb
    • 提供者：weixin_42117116

  1. dspp-keras：Keras，Tensor Flow和Edward框架的蛋白质有序和无序数据，具有针对连续学习应用的自动更新周期-源码

  2. 介绍 dspp-keras是dspp-keras集成，它提供7200+个不相关蛋白质的氨基酸序列，具有形成二级结构或保持无序的倾向。 我们强烈建议您阅读本文档的其余部分，在FAQ部分中滚动，并从example/目录中训练测试模型。 重要的是，请阅读我们文件。 蛋白质类 蛋白质是由20个氨基酸组成的复杂生物分子，它们依次连接成长的非分支链。 通常称为多肽链。 多肽链的独特空间排列产生3D分子结构，该结构定义了蛋白质功能以及与其他生物分子的相互作用。 尽管控制蛋白质3D结构形成的基本力是众所周

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：30kb
    • 提供者：weixin_42166261

  1. 十规则jupyter：Jupyter笔记本中编写和共享计算分析的十个简单规则-源码

  2. 在Jupyter笔记本中编写和共享计算分析的十个简单规则 该存储库是对 及其预印本 浏览以下示例笔记本，了解十个简单规则的应用。 此外，我们还建立了以众包更多技术和深入的教程，并紧跟快速发展的Jupyter生态系统。 我们鼓励您贡献并分享您的专业知识。 例子1 本示例演示了使用机器学习方法预测蛋白质折叠分类的可重现的4步工作流程。 规则9：设计笔记本以供阅读，运行和浏览。 下面的nbviewer链接提供笔记本电脑和笔记本电脑的非交互式预览。 按钮使用Binder（ ）服务器在Web

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-03
    • 文件大小：53mb
    • 提供者：weixin_42102272

  1. 从头预测蛋白质骨架的一种并行蚁群方法及其在CASP8/9中的应用

  2. 从低同源关系的氨基酸序列预测蛋白质的三维结构被称为从头预测,它是计算生物学领域中的挑战之一.蛋白质骨架预测是从头预测的必要先导步骤.本文应用一种基于共享信息素的并行蚁群优化算法,在现有能量函数指导下,通过不同能量项之间的定性互补,构建具有最低能量的蛋白质骨架结构,并通过聚类选择构象候选集合中具有最低自由能的构象.在CASP8/9所公布的从头建模目标上应用了该方法,CASP8的13个从头建模目标中,模型1中有2个目标的预测结果超过CASP8中最好的结果,7个位列前10名;CASP9的29个从头建模

  3. 所属分类：其它

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