批量ATAC-seq分析管道 Murad博士和博士候选人Klebea Carvalho慷慨地提供了原始脚本。 在6个bash脚本中，此管道执行以下操作： 使用fastqc检查读取质量 使用领结进行Map读取，使用Picard删除重复项，并由于转座酶结合而移位读取 用Homer调用150bp和500bp峰 在副本上运行IDR（不可重复性发现率） 合并峰 用荷马进行计数矩阵 检查阅读质量 首先，制作一个包含要处理的样品名称的前缀文件： ls AT_AC*_R1.fastq.gz | sed

ATAC-Seq-管道 要求 此项目需要R版本> = 4.0.0。 使用initialization.sh脚本将正确的R版本自动安装在新的conda环境（ATAC）中。 initialize.sh脚本包括自动安装，可防止与R中的程序包依赖项发生冲突。如果您希望设置自己的环境，则必须修改initialize.sh并为“ Biostrings”，“ BCRANK”和“ seqinr”。 该GitHub管道包括一个可选分支，用于基于轨道的染色质可访问性可视化。 要使用此命令，您将必须在由ini

ATAC-Seq分析管道 阿尔贝托·特曼尼尼

NCBI-Hackathons / ATACFlow 该管道使用Nextflow执行ATAC Seq 介绍 NCBI-Hackathons / ATACFlow：该管道使用Nextflow执行ATAC Seq 该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有docker / singularity容器，使安装变得轻而易举，并且结果可高度重现。 参考 您发现该管道对您的研究有用吗？ 您可以使用DOI 10.17605 / OSF.IO / UCW