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搜索资源列表

  1. deseq2手册

  2. DESeq2 的最新manual （Nov. 2014）

  3. 所属分类：讲义

    • 发布日期：2015-04-21
    • 文件大小：580kb
    • 提供者：xiaofei_iseq

  1. GSE157852_reanalysis-源码

  2. STAR vs HISAT2 vs Salmon的再分析 1.原始数据和对齐方式 查看 2.从最初的分析变化 -conda环境 -已安装DESeq2 = 1.30.1（而不是1.30.0） -其他主要软件包与原始分析相同 name : r channels : - conda-forge - bioconda - defaults dependencies : - _libgcc_mutex=0.1=conda_forge - _openmp_mutex=4.5=1_gnu

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-26
    • 文件大小：22mb
    • 提供者：weixin_42138139

  1. DE-nf-源码

  2. DE-nf：管道V1.0 在流水线下一步处理中，分析整体表达的差异性RNAseq。 描述 FASTA issus deséquençageNGS的RNAseq补全品和分析产品的流水线。 媒体报导： STAR重新定位（选项）。 Alignement des通过STAR朗读法语课程。 通过htseq-count交叉路口的SAM sur l'annotation deréférence。 Élaborationde la matrice finale de compcomp蛮力。 通过DE

  3. 所属分类：其它

  1. learning-bioinformatics-at-home:学习生物信息学的资源-源码

  2. 在家学习生物信息学 和其他贡献者收集了一些资源，以帮助人们在家学习生物信息学工具（基本的和专业的）。 表中的内容 的Unix 介绍 ：假设没有任何以前的经验，则每天直播生物信息学课程。 中间的 先进的 流程替代 一线生物信息学 [R 介绍 ：Dana Farber的Rafael Irizarry的课程 ：DESeq2和其他R包的作者Mike Love编写的教程 中间的 ：基因组规模测定的结构，注释，归一化和解释（免费edX课程） ：由Tidyverse和其他许多东西的开发者Hadley Wi

  3. 所属分类：其它

  1. metaDEGalaxy：包含用于Galaxy实例的metaDEGalaxy脚本和包装-源码

  2. 银河系 MetaDEGalaxy是运行在Galaxy平台上的宏基因组分析工具。 有许多用R和python编写的脚本组成了执行16S rRNA分析的Galaxy工作流程。 greengenes数据库在MetaDEGalaxy中用作参考数据库。 参考 Mike WC Thang， ， ，Dominique Gorse，Matthew A Field，2019年 ：用于16S元基因组数据差异丰度分析的Galaxy工作流程。 工具 -配对末端reAd mergeR 它是USEARCH工具的替代品

  3. 所属分类：其它

  1. bulk-rnaseq：使用kallisto和DESeq2处理大量RNASeq样品的工作流程-源码

  2. 批量处理 简单的工作流程即可量化基因水平的RNA丰度并检测大量RNAseq样品中的差异表达基因（DEG）。 管道使用kallisto量化笔录级别的丰度，并使用DESeq2标准化计数和检测DEG。 安装 安装Anaconda或Miniconda，然后conda install snakemake 从下载适当的kallisto参考或自行构建 克隆存储库 在samples.csv描述您的samples.csv 修改config.yaml的设置 （可选）如果计划使用SLURM集群，请在run_pip

  3. 所属分类：其它

  1. 定量-ChIPseq-车间：EuroBioc 2020研讨会：使用DiffBind进行ChIP和ATAC分析-源码

  2. 标题 作者 日期 输出 定量ChIPseq车间 罗里·斯塔克 2020年11月25日 html_document ChiP-seq，ATAC-seq和相关DNA富集测定的定量分析。 讲师 罗里·史塔克（Rory Stark），英国剑桥大学癌症研究中心计算机生物学首席科学家 车间介绍 该研讨会将演示在Bioconductor中对ChIP-seq数据进行定量分析（特别是差异结合分析）所涉及的步骤，并讨论一些相关检测方法，例如ATAC-seq。 将特别注意对齐读取的处理，包括黑名单，灰名单，质量和重复

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-21
    • 文件大小：401kb
    • 提供者：weixin_42116596

  1. 海藻-源码

  2. 藻类勘探项目 我的藻类基因勘探项目。 当前协议 从预取中下载SRA 使用vdb-validate检查MD5 使用fastq-dump转换为FASTQ 下载一些基因组和注释 地图读取到基因组和注释 从头汇编（Trinity，如果不可映射） TransDecoder获得肽 蛋酒映射器注释 鲑鱼定量 DESeq2 Wald测试（Rscr ipt） 单端分支 多样化，快速注释 关于元数据文件 必须有4列： 所有文件均带有Bioproject ID的“ Bioproject”列 “运行”列-S

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-16
    • 文件大小：12mb
    • 提供者：weixin_42169245

  1. rna-dge-salmon-deseq2：使用Salmon，tximport和DESeq2对FastQ文件执行差异分析-源码

  2. rna-dge-salmon-deseq2 使用Salmon，tximport和DESeq2对FastQ文件执行差异分析 在上查看完整的文档

  3. 所属分类：其它

  1. RNA-seq-workshop：RNA-seq-workshop-源码

  2. RNA序列工作室 这次RNA-seq研讨会旨在让您开始自己的RNA-seq分析，并假设您已经熟悉bash和R的基础知识。 我们将使用NeSI HPC进行某些分析，因此请确保您拥有NeSI帐户并且能够登录。 浏览讲习班的准备文件，以确保您准备： 研讨会大纲（上午9点至下午4点） RNA序列概述 如何QC一个fastq？ 如何修剪序列文件？ 修整质量 适配器修整 如何使用HISAT2在参考上比对测序读数 创建参考序列 对齐参考上的读数 定义对齐格式 SAMtools简介 如何获得计数矩阵

  3. 所属分类：其它

  1. RNASeq分析工具包-源码

  2. RNASeq-analysis-toolkit测试版 该存储库包含（希望）一个易于使用的工具来分析RNASeq数据。 依存关系 bowtie2 HTSeq R包 DESeq2 皮尔 dplyr 分割形状 ggplot2 RColorBrewer 增强火山 该工具假定所有预处理步骤均已执行。 这包括： 质量控制 可以使用诸如fastqc 工具评估序列质量 此后，可以使用例如trimmomatic 或cutadapt 评估搁浅 我以前使用过的脚本可以在这里找到： ://rs

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：865kb
    • 提供者：weixin_42130889

  1. seeqR：方便的函数集合，可使用已发布的R包分析NGS数据-源码

  2. SeeqR 使用已发布的R包收集方便的函数来分析NGS数据 正常RNA-Seq分析 在开始之前，该包的这一部分依赖于DESeq2包。 查看他们的插图： ： 起始材料：原始计数表，例如来自featureCounts的输出。 seeqR软件包提供了一个示例表（sqCounts） library(seeqR) counts <- sqCounts head(counts) 我们让软件包DESeq2根据原始计数计算差分表达式。 seekDEseq函数包括所有必需的步骤。 从计数表的同名中

  3. 所属分类：其它

  1. TCGApackages0226-源码

  2. TCGA封装0226 该软件包是为TCGA数据分析开发的，目前包括以下7个步骤： 获取数据 自动下载相应的RNAseq计数文件（已压缩） 解压缩数据 解压缩那些下载的压缩文件 generateMatrix 将这些单独的文件合并到一个基因表达矩阵中，该矩阵的行名是基因，同名是样本。通常，此步骤将花费大量资源进行竞争 元注释 获取样本的组信息，例如肿瘤或成对的正常 corSample 根据所有基因的表达计算样品的相关性和PCA 数码相机 应用DESeq2计算组之间的不同表达基因（DEG） DEGs

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：15mb
    • 提供者：weixin_42177768