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MetagenomeProcessing:测序后对元基因组进行组装,注释和分类的管道-源码
处理元基因组测序读 测序过程后用于宏基因组读取的组装,注释和分类分类的管道。 指数 质量控制使用fastqc ,适配器调整使用cutadapt 。 使用MEGAHIT组装读数。 使用PROKKA进行基因预测和注释。 使用DIAMOND和eggNOG数据库的附加功能注释。 宏基因组读段的分类学分类。 初始文件 基本上,我们将从测序过程产生的最终读取文件开始。 我们将假设来自配对分析的每个元基因组都有两个文件: R1.fastq.gz R2.fastq.gz 依存关系 FastQC v0
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-03
文件大小:12kb
提供者:
weixin_42107374