PopPIPE：人口分析PIPEline :hammer_and_wrench: :dna: 结果的下游分析。 管道描述 管道包括以下步骤： 将文件拆分为菌株。 使用计算每个应变内的核心和附件距离。 使用核心距离和来创建邻居加入树。 （lineage_clust模式）使用PopPUNK中的世袭群集从核心距离生成群集。 使用生成应变内比对。 使用使用此比对并以NJ树为起点来生成ML系统发育。 使用生成子群，这些子群是系统发育的分区。 与PopPUNK中一样，创建具有核心和附件