关于eQTL的算法，进行线性回归.生物类，生物信息方向

CoffeeProt：用于蛋白质组范围内系统遗传学相关性和功能富集的在线工具 基因组学，蛋白质组学和表型性状在遗传多样性人群中的整合是发现新型生物调节剂的有力方法。复杂数据量的不断增长要求各种科学家可以使用易于使用的新工具来发现和可视化功能相关的关联。为了满足此要求，我们开发了CoffeeProt，这是一种开放源代码工具，可以分析与蛋白质网络和表型性状相关的遗传变异。 CoffeeProt使用蛋白质组学数据进行相关网络分析，并注释蛋白质-蛋白质相互作用，亚细胞定位和药物关联。然后，它整合了遗传和

介绍 eQTLsingle是一个R软件包，用于从scRNA-seq数据中发现eQTL效应。 它通过检测特定细胞类型内不同基因型之间的差异基因表达来发现细胞类型特异性eQTL。 eQTLsingle具有两种模式。 清除数据模式：将输入作为单个单元格的SNV矩阵和表达矩阵 原始数据模式：将输入作为fastq文件。 eQTLsingle可以同时生成SNV矩阵和基因矩阵，用于进一步的eQTL发现分析 安装 要从安装eQTLsingle ： if ( ! require( devtools )) i

qpgraph：通过高通量表达和基因分型分析估算基因和eQTL网络 当前构建状态 release development 安装 这是R / Bioconductor软件包qpgraph的开发版本。 该版本不稳定，仅应用于测试新功能。 如果您正在寻找此软件包的发行版本，请转到软件包发行登录页面，并按照其中的说明进行安装。 如果您确实在寻找该开发版本，那么要安装它，首先需要安装与Bioc-devel兼容的R版本。 有关更多详细信息，请参见。 if ( ! requireNamespace(

eqtlgentools eqtlgentools的目标是为 [cis-eQTL]数据集生成beta和标准错误值。 这需要来自单独文件的。 文件可从公开获得 本文件中记录了将Z分数转换为beta和标准错误的计算。 安装 使用以下命令从安装： devtools :: install_github( " rmgpanw/eqtlgentools " ) 用法 在R中运行以下代码（用您自己的文件路径替换），以生成一个新文件，其中将beta和standard错误列附加到主cis-eQTL文件中。 如