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搜索资源列表

  1. iCPAGdb:iCPAGdb Web应用程序的资源-源码

  2. iCPAGdb 网络浏览器： ： 此存储库包含iCPAGdb和Web浏览器的后端和前端代码。 iCPAGdb整合了不同表型范围内GWAS的结果，确定并量化了影响分子，细胞和生物特征的多效性基因座的重要性。 目的是提供一种资源，使特定人类特质的专家可以轻松地为构成该特质生理学的分子和细胞表型建立假说。 以这种方式牵连的分子和细胞途径可以作为治疗方法的新型生物标志物或靶标。 iCPAGdb的当前版本包含来自> 4400种疾病/特征的GWAS摘要统计信息，并允许用户探索所有现有疾病之间

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-26
    • 文件大小：731kb
    • 提供者：weixin_42160376

  1. gwas-源码

  2. 用于GWAS和GWAS后分析的奇异容器 该存储库用于使用各种软件和分析工具开发和记录奇异容器，用于GWAS和GWAS后分析。 入门 对于新用户，我们建议阅读入门说明，其中使用一个简约示例（带有plink二进制文件的奇异容器）解释奇异容器的基本用法。 如果您想为开发这些容器做出贡献，请参阅 。 有关具有综合数据的GWAS的教程，请参阅 前提条件（正在运行的教程）： 下载在上共享的容器。 从上面的Google Drive文件夹中下载comorment_ref.tar.gz文件，使用tar -

  3. 所属分类：其它

  1. bioi_GWAS:R中的GWAS | R Markdown-源码

  2. bioi_GWAS R中的GWAS | R Markdown [R qqman 玩具模型：Pixieplatin（PxPt）是由Faerie Pharmaceuticals开发的一种新型化学治疗剂。 不幸的是，该药物的主要副作用之一是血小板减少症（血小板计数低），这可能导致危险的内部出血。 用PxPt治疗后，在922个欧洲血统的个体中测量了血小板计数。 在血小板计数（对数转换）表型上执行GWAS。 基因型在PLINK二进制格式文件中（ bed/bim/fam ，基因组建立hg19 ），而

  3. 所属分类：其它

  1. 每个基因座的基因选择：在一组基因中选择最可能的因果疾病基因-源码

  2. 基因评分后每个基因座的基因选择 总体目标：在GWAS之后选择每个基因座的最高基因（全基因组关联研究） 基因以前已经过机器学习，可以根据基因是否可能导致血压来对基因进行排名 基因按位点分组（发现基因组区域对血压表型具有统计学意义），因此此代码的目的是根据以下概述的标准在每个组/基因座中选择最佳基因。 筛选以选择每个基因座的基因，如果它们是： 机器学习预测（RF_Score）> +1标准偏差（SD）。 如果不满足1.，则： 选择>平均得分的基因以通过蛋白质-蛋白质相互作用（PPI

  3. 所属分类：其它

  1. antsnap：通过蚁群优化进行上位挖掘-源码

  2. 蚂蚁 antsnap是一种用于检测全基因组关联研究数据中上位相互作用的方法。 该项目建立在先前的方法上，这些方法使用蚁群优化来识别上位性相互作用，但是相反，它试图识别3-SNP相互作用。 结果有时是好的，但是最终尝试搜索如此大的空间是相当困难的，并且可能无法替代更详尽的搜索方法。 当然，这种方法也有可能得到显着改进。 目前，此代码是为与GAMETES 2.0模拟的GWAS数据配合使用而编写的，其格式如下： N1 N2 N2 MOP1 MOP2 MOP3 Class 0

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-15
    • 文件大小：12kb
    • 提供者：weixin_42110038

  1. pheweb：一种用于构建多表型GWAS浏览器的工具-源码

  2. 有关示例，请参见 。 有关演示的演示，请参见。 如果您有任何疑问或意见，请查看我们的。 如何引用PheWeb 如果您使用PheWeb代码库进行工作，请引用我们的论文： Gagliano Taliun，SA，VandeHaar，P。等。 使用PheWeb探索和可视化大规模遗传关联。 Nat Genet 52，550–552（2020）。 如何为您的数据构建PheWeb 如果这些步骤中的任何一个不正确，请，我将看看我可以做些什么来改进。 1.安装PheWeb pip3 install phe

  3. 所属分类：其它

  1. MendelIHT.jl：迭代硬阈值作为GWAS的多元回归模型-源码

  2. 孟德尔 迭代硬阈值-一种用于分析全基因组关联研究（GWAS）数据的多元回归方法 文献资料 建立状态 代码覆盖率 安装 下载并安装 。 在Julia内，复制并粘贴以下内容： using Pkg Pkg.add(PackageSpec(url="https://github.com/OpenMendel/SnpArrays.jl.git")) Pkg.add(PackageSpec(url="https://github.com/OpenMendel/VCFTools.jl.git")) Pkg.

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-03
    • 文件大小：34mb
    • 提供者：weixin_42125770

  1. genewa:liClimente-González等人的笔记本。 （2020），结合网络引导的GWAS来发现乳腺癌的易感性机制-源码

  2. 在此存储库中，我们在上评估了六个基于网络的GWAS工具。它包含以下文章的随附脚本，结果和实验室笔记本： Climente-GonzálezH，Lonjou C，Lesueur F，GENESIS研究组，Stoppa-Lyonnet D等。 （2021）使用生物网络提高GWAS：对家族性乳腺癌易感性的研究。 PLOS计算生物学17（3）：e1008819。 该存储库分为四个主要子文件夹： ：包含用于运行实验的mai Pieces代码。 ：包含实验结果。通常，每个子文件夹都包含一个脚本r

  3. 所属分类：其它