MycoSNP GeneFlow工作流程：BWA参考 概述 MycoSNP包括以下三个GeneFlow工作流程集： MycoSNP BWA参考：通过屏蔽参考中的重复并生成BWA索引，为BWA对齐和GATK变体调用准备参考FASTA文件。 MycoSNP BWA预处理：通过将样本与BWA参考索引对齐并确保正确格式化BAM文件，为GATK变体调用准备样本（配对末端FASTQ文件）。 MycoSNP GATK变体：调用变体并生成一个多FASTA文件。 该存储库包含MycoSNP BWA参考工作