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  1. QIIME2扩增子分析流程及常用命令.pdf

  2. 便于查阅的QIIME2扩增子分析流程及常用命令（我的博文https://blog.csdn.net/weixin_42126262/article/details/107285753） pdf 版，包含QIIME2的16S扩增子分析流程基础内容、常用命令、部分图文解释。

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2020-07-13
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42126262

  1. QIIME2_16S_ASV_protocol-源码

  2. 在QIIME2中处理16S序列的协议 本文档介绍了我们使用515F-Y / 926R引物组处理16S扩增子文库的程序（ ）。扩增子序列变体是用DADA2生成的（ ）。对于注释，我们主要使用但体序列补充了 。 QIIME2可视化效果可以在查看。 我们通常但并非唯一地从从Sterivex过滤器中提取的DNA和RNA生成这些文库。请在此处查看我们的自动提取协议： 要求 或更高版本 SSURef NR99全长序列和分类 重要笔记 这是一个通用协议。我们通常会在所有文件名的开头添加唯一的项目ID。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：5120
    • 提供者：weixin_42136365

  1. tourmaline:使用QIIME 2和Snakemake进行扩增子序列处理的工作流程-源码

  2. 电气石 电气石是使用及其包装的软件包对Illumina序列数据进行的扩增子序列处理工作流程。 电气石使用工作流程管理系统管理命令，输入和输出。 为什么要使用电气石？ 电气石具有增强可用性和互操作性的若干功能： 可移植性。 除Docker容器外，对Linux和macOS的本机支持。 QIIME2。电气石的核心命令（包括软件包）都是QIIME 2的命令，QIIME 2是最流行的扩增子序列分析软件工具之一。 您可以在运行工作流程之前或同时打印工作流程的所有QIIME 2和其他Shell命令。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-17
    • 文件大小：4194304
    • 提供者：weixin_42151729

  1. fastqcs3:CHEM E 545546最终项目的主要回购-源码

  2. FastQCS3：16S基因测序的快速定量检查 CHEM E 545/546最终项目的主要回购 概述/目的 该软件的目的是为用户提供一种工具，可在测序结果可用后立即快速运行质量检查。 该软件将设计为可从命令行运行的python可安装软件包。 通过模块化设计，用户将有机会指定他们要执行哪种FastQCS3。 安装依赖项 该软件包依赖于先前发布的微生物组分析软件包来预处理输入数据并提供测序质量指标。 FastQCS3寻求利用QIIME2数据处理功能，同时着重于构建一个交互式仪表板，该仪表板具有比QI

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-10
    • 文件大小：638976
    • 提供者：weixin_42100129

  1. qiime2-2021.2-Pacbio-git-源码

  2. qiime2-2021.2-Pacbio-git 该文件允许用户创建一个具有qiime2-2021.2的虚拟环境，并具有处理Pacbio长读取的功能。 处理长读的代码来自 。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-07
    • 文件大小：6144
    • 提供者：weixin_42116734

  1. Houtz_etal_2021-NHP_microbiome:Houtz等人2021年的可再现性数据和代码，“圈养灵长类动物中肠道微生物群的可预测的和特定于宿主物种的人源化”-源码

  2. Houtz_etal_2021-NHP_microbiome Houtz等人2021年的可再现性数据和代码，“圈养灵长类动物中肠道微生物群的可预测的和特定于宿主物种的人源化” 安装与设定 要设置执行该代码的环境，请确保在基本的Conda环境中安装了Mamba，然后在终端中运行以下命令： mamba env create -n qiime2-2021.2-irkernel --file qiime2-2021.2-py36-osx-conda-irkernel.yml 激活环境： conda

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-06
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42174098

  1. P-MFC:QIIME2和R脚本，16S排序管线和分析-源码

  2. P-MFC v 0.1 Gene Drendel博士项目分析，应用和环境微生物学小组LTU的生物信息脚本存储和版本控制。 初始脚本上传涵盖了HPC和R数据的准备，处理和分析，如下所示。 HPC脚本 基本脚本文件夹包含Daniel Rice的原始脚本模板，以及修改后的工作基础脚本，此后所有更改都已从该模板中进行。 盖子： 基本的HPC设置命令 原始测序数据导入 使用QIIME2进行处理 主要输出是： 分类表 OTU / ASV表 系统发育树 R脚本 Base scr ipt文件夹包含Jen

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-05
    • 文件大小：55296
    • 提供者：weixin_42148975

  1. 2021年沉沉，提交了《整体环境科学》修订版-源码

  2. Shen等人，2021年。《整体环境科学》。 修订稿提交了暴露于生菜的生菜-土壤系统中的细菌群落组装和抗生素抗性基因 附件中，您将找到以下文件： 输入数据表（细菌群落，ARG，抗生素浓度） R markdown（.rmd）文件-细菌社区 R markdown（.rmd）文件-抗生素抗性基因 Qiime2 16S rRNA扩增子测序批处理（.batch） 原始序列文件（.fastq）可根据要求提供

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-18
    • 文件大小：121856
    • 提供者：weixin_42133452

  1. 例程_qiime2_analyses：命令行工具，用于编写命令以逐一运行以在运行扭矩的HPC上执行标准qiime2分析-源码

  2. 例程_qiime2_analyses 描述 等工具，运行微生物组多样性分析变得非常容易。 但是，使用许多命令行执行基本步骤，例如以正确的格式导入文件，子集设置以删除稀有物种，尤其是在高性能计算机（HPC）上运行，可能会很麻烦。 该包装器执行与分析中相同的操作，并且可以使用进行更高效的。 但是，这是为使用或调度程序访问HPC的用户量身定制的版本，并且安装了conda和qiime2 conda环境。 在这里，它允许用户传递带有.tsv或.biom文件的文件夹，该文件夹与微生物组到样品特征表相对应，

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-17
    • 文件大小：560128
    • 提供者：weixin_42181693