文件名称:
例程_qiime2_analyses：命令行工具，用于编写命令以逐一运行以在运行扭矩的HPC上执行标准qiime2分析-源码
开发工具:
文件大小: 547kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-17
详细说明：例程_qiime2_analyses
描述
等工具，运行微生物组多样性分析变得非常容易。 但是，使用许多命令行执行基本步骤，例如以正确的格式导入文件，子集设置以删除稀有物种，尤其是在高性能计算机（HPC）上运行，可能会很麻烦。 该包装器执行与分析中相同的操作，并且可以使用进行更高效的。 但是，这是为使用或调度程序访问HPC的用户量身定制的版本，并且安装了conda和qiime2 conda环境。
在这里，它允许用户传递带有.tsv或.biom文件的文件夹，该文件夹与微生物组到样品特征表相对应，为此存在另一个包含这些样品元数据的文件夹，并自动运行一系列分析：
功能过滤
提取生命网系统发育子树（仅适用于使用gOTU管道生成的特征），
alpha多样性分析（目前，使用“ observed_otus”，“ pielou_e”，“ shannon”指标），
beta多样性分析（目前，使用“
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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