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搜索资源列表

  1. 遗传算法模拟生物多序列比对之初始化的改进

  2. 针对应用遗传算法求解生物多序列比对问题的初始化进行了改进.初始种群是遗传算法构造的一个关键部分,本文根据多序列比对的生物特性,在初始种群中的个体中插入连续空位,优化初始种群的个体质量;并在初始种群中加入一定比例的在线比对工具MAFFT优质种子,优化初始种群的整体质量.通过数值模拟实例结果显示,经过这两个优化处理可以生成更高质量的初始种群,得到更好的比对结果,提高多序列比对的计算效率.

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-04-24
    • 文件大小：293888
    • 提供者：weixin_38672800

  1. 自适应蚁群算法在序列比对中的应用.zip

  2. 自适应蚁群算法摘要 ：序列 比对是生物信息学的重要研究-rg。蚁群算法是一种新型的模拟进化算法，并被成功地应用于旅行商问题(TSP) 等组合优化问题中。该文将蚁群算法应用于序列比对，并提出基于 自适应调整信息素的改进算法。仿真结果表明这种新的 比对算法是有效的，而它的改进算法的效果更为理想。 关键词：蚁群算法；序列比对 ；信息素在序列比对中的应用

  3. 所属分类：算法与数据结构

    • 发布日期：2020-04-01
    • 文件大小：186368
    • 提供者：zhidc

  1. clustalx 核酸序列比对程序

  2. 这是多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；你可以选择序列子集进行比对；你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。

  3. 所属分类：教育

    • 发布日期：2020-08-18
    • 文件大小：4194304
    • 提供者：Hadoop27

  1. 基于局部序列比对的漏洞挖掘技术研究

  2. 针对网络协议漏洞挖掘系统在网络协议格式分析过程中使用全局序列比对技术效率不高的问题，结合网络漏洞挖掘背景，对序列比对技术进行深入分析，提出了一种更为有效的基于局部序列比对算法的Fuzzing漏洞挖掘新方法。在获取网络协议格式分析的过程中，提高漏洞挖掘效率。仿真结果表明，该方法较全局序列比对方法在执行效率上具有较为明显的优势。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-10-16
    • 文件大小：346112
    • 提供者：weixin_38668754

  1. js DNA动态序列比对代码

  2. Javascr ipt动态序列比对代码，随便 写着玩的，在网上见到用VC、VB写的比较多，这个算法以前在高中课本上见到过，我只是用Js写一下试试，或许还不是太准确。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-10-29
    • 文件大小：29696
    • 提供者：weixin_38559992

  1. 详解基于python的全局与局部序列比对的实现(DNA)

  2. 程序能实现什么 a.完成gap值的自定义输入以及两条需比对序列的输入 b.完成得分矩阵的计算及输出 c.输出序列比对结果 d.使用matplotlib对得分矩阵路径的绘制 一、实现步骤 1.用户输入步骤 a.输入自定义的gap值 b.输入需要比对的碱基序列1（A,T,C,G）换行表示输入完成 b.输入需要比对的碱基序列2（A,T,C,G）换行表示输入完成 输入（示例）： 2.代码实现步骤 1.获取到用户输入的gap，s以及t 2.调用构建得分矩阵函数，得到得分矩阵以及方向矩阵 3.将得到的

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-12-16
    • 文件大小：486400
    • 提供者：weixin_38599412

  1. 双序列比对的基础（2）之替换（计分）矩阵系列

  2. 双序列比对的基础（2）之替换（计分）矩阵系列   主要以BLOSUM矩阵与PAM矩阵的介绍为主。 声明：该部分书中内容介绍有点少，所以我上网搜索到几篇文献和和国外大学的相关课件（从一个研究生博主处获得）。 那本篇文章就先介绍BLOSUM矩阵吧   BLOck SUBstitution Matrix：BLOSUM矩阵。 详细的来说，它们来自一组蛋白质家族中联配上的无空位区域，这些蛋白家族源于BLOCKS数据库。1 BLOSUM62矩阵广泛应用于双序列比对，也是BLAST程序默认调用的计分矩阵。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-07
    • 文件大小：108544
    • 提供者：weixin_38638004

  1. 基于多策略人工蜂群的多序列比对算法

  2. 多序列比对是生物信息学中最重要和挑战性的任务之一. 针对多序列比对是NP 完全组合优化问题, 引.入Tent 混沌初始化种群策略、不同蜂种的邻域搜索策略和锦标赛选择策略等, 提出了一种基于多策略人工蜂群.的多序列比对算法. 该算法应用Tent混沌初始化种群策略以使初始个体多样化和获取较好初始解; 其次针对不同.蜂种的特性设计不同的邻域搜索策略以平衡算法的全局探索与局部开发能力. 同时引入序列比对的蜜源编码方.法以适应多序列比对的离散性. 实验结果表明, 该算法鲁棒性较强, 能获取较好的比对性能和

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-23
    • 文件大小：373760
    • 提供者：weixin_38659805

  1. BAnAnASpy:Batch Sanger序列比对程序-源码

  2. 班纳斯 批处理'n'自动'n序列比对python程序 设置： 在第一次运行该程序之前，您需要设置一些位于“ main（）”方法开始处的变量。 无需外部程序，只需要一些python库 库安装： 'biopython' 'xlsxwriter' Linux： pip install 'package' pip3 install 'package' pip install 'package'或pip3 install 'package' Windows： python pip install 'p

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-16
    • 文件大小：344064
    • 提供者：weixin_42118770

  1. 完整且精确的重复短序列比对算法

  2. 完整且精确的重复短序列比对算法

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-15
    • 文件大小：715776
    • 提供者：weixin_38688097

  1. ProteinEvolverABC:通过近似贝叶斯计算估计蛋白质序列比对中的重组和取代率-源码

  2. 蛋白质进化者 通过近似贝叶斯计算估计蛋白质序列比对中的重组和取代率 软件包ProteinEvolverABC是一个计算机框架，可通过近似贝叶斯计算来估计蛋白质序列多个比对中的重组和取代率。 该框架基于模拟器ProteinEvolver的特殊版本，该模拟器通过重组（包括各种迁移模型，人口统计学和用户指定的种群/物种树）和蛋白质在不同替代模型下的进化来实现合并。 可以从比对中收集有关进化过程的信息，总共可以计算出16个摘要统计量。 然后，ProteinEvolverABC可以通过拒绝和回归方法在近似

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-14
    • 文件大小：89128960
    • 提供者：weixin_42107491

  1. NWAlignment:Needleman-Wunsch比对工具，用于成对序列比对-源码

  2. #NWAlignment 该工具旨在根据执行成对序列比对。 当前程序版本使用简单的评分系统，其中差距和不匹配得分为-1，匹配定义为+1。 ＃＃＃要求： > =版本3.10 C ++ 20标准 编译： 导航到“代码”目录cd Code 创建一个名为“ build”的文件夹mkdir build 导航到新生成的文件夹cd build 使用cmake编译项目cmake .. 生成可执行文件make 运行程序，如下所示 ###用法：允许的参数： 短的 长 类型 描述 -一世

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-14
    • 文件大小：19456
    • 提供者：weixin_42168830

  1. TGAA:一个Python程序，用于分析多个序列比对并比较两组物种之间的氨基酸特性-源码

  2. 贸易总协定 一个Python程序，用于分析多个序列比对并比较两组物种之间的氨基酸特性

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-13
    • 文件大小：30720
    • 提供者：weixin_42171132

  1. ResSeq：通过挽救含错误的读段来增强短读序列比对

  2. ResSeq：通过挽救含错误的读段来增强短读序列比对

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-12
    • 文件大小：398336
    • 提供者：weixin_38640674

  1. 具有k-match和match部分的不同序列比对的数量。

  2. 具有k-match和match部分的不同序列比对的数量。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-12
    • 文件大小：355328
    • 提供者：weixin_38532629

  1. 基于模拟退火和星形比对的共有序列搜索的多序列比对算法

  2. 基于模拟退火和星形比对的共有序列搜索的多序列比对算法

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-07
    • 文件大小：401408
    • 提供者：weixin_38628552

  1. 一种新颖的快速且高效存储的并行MLCS算法，用于长序列和大规模序列比对

  2. 通常可以将信息抽象为有限字母上的字符序列。 随着大数据时代的到来，来自各个应用领域（例如，生物序列）的序列的长度和大小不断增加，导致了经典的NP难题，即寻找多个序列的多个最长公共子序列（即MLCS问题在生物信息学，计算基因组学，模式识别等领域具有许多应用），成为研究热点并面临严峻挑战。 在本文中，我们首先揭示了基于主导点的MLCS算法很难应用于长序列和大规模序列比对。 为了克服它们的缺点，基于提出的问题解决模型和并行拓扑排序策略，我们提出了一种新颖的高效并行MLCS算法。 对随机序列和生物学序列

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-06
    • 文件大小：655360
    • 提供者：weixin_38742453

  1. rnalign2d：使用MUSCLE和二级结构数据执行RNA的多序列比对的Python工具-源码

  2. RNAlign2D RNAlign2D是一种Python包装器，它允许使用有关二级结构和序列的信息来比对多个RNA分子。 为此，使用了MUSCLE程序，但可以对其进行调整以使用任何其他多序列比对工具。 该工具首先去除常见的RNA修饰，然后将RNA序列和二级结构转换为假氨基酸序列（请不要误解翻译过程-这只是技术解决方案），然后使用MUSCLE来比对假氨基酸序列。 最后恢复过程，并恢复与原始序列和二级结构的比对。 点括号格式 格式，成对残基标记为方括号（），未成对残基标记为点。 例如，包含发夹的

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-18
    • 文件大小：116736
    • 提供者：weixin_42165973

  1. pyBoxshade：用于着色阴影序列比对的桌面应用程序-源码

  2. pyBoxshade 用于着色/着色序列比对的桌面应用程序 目的 pyBoxshade是一个程序，用于从多个蛋白质或DNA序列的比对中创建美观的打印输出。 该程序本身不进行比对，它以多重比对程序或多重序列编辑器为预处理文件。 该程序是BOXSHADE的更新版本（ ）; 它已从Pascal转换为Python / Qt，并且可用于Windows或MacOS。 在程序输出中，多重比对中相同和相似的残基由字母或阴影的不同颜色（背景颜色）表示。 关于要应用的阴影种类，有很多选择，包括是否包括标尺线，序

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-15
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42099755

  1. 安德鲁：成对序列比对-源码

  2. 安德鲁 该程序旨在对CDR3字符串执行多个成对序列分析。 该程序是使用python编程语言设计的。 输出包括树状图和代表CDR3序列的序列比对的值。 该程序的输入是清理后的数据文件“ all.tsv”。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-12
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42117032
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