介绍
cgranges是一个用于基因组间隔重叠查询的小型C库:给定一个基因组区域r和一组区域R ,在R中查找与r重叠的所有区域。 尽管此库基于(一种众所周知的数据结构),但就我们所知,cgranges的核心算法与所有现有实现都不同。 具体来说,cgranges中的间隔树被隐式编码为普通排序数组(类似于但打包方式不同)。 树的遍历是通过在数组索引之间跳转来实现的。 这种处理使cgranges非常有效且紧凑。 核心算法可以用大约50行C ++代码实现,也比其他代码短得多。 有关详细信息,请参见的代码