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搜索资源列表

  1. delta：Delta是在Go中实现的命令行差异工具-源码

  2. 三角洲 Delta既是Go库又是用于文本差异的命令行实用程序。 差异可以在浏览器中显示，也可以使用--cli标志在命令行中--cli 。 安装 brew install octavore/tools/delta 描述 Delta实现了两个差异函数：Smith-Waterman和直方图差异。 是一种动态编程算法，用于对齐两个序列，在这种情况下为文本序列。 它起源于生物信息学，用于比对DNA序列。 是一种diff算法，它首先在JGit实现，然后移植到git ，在这里可以与git diff --h

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：153600
    • 提供者：weixin_42136826

  1. bio4j：Bio4j抽象模型和项目的一般入口点-源码

  2. Bio4j生物信息学图数据平台 Bio4j是一个生物信息图数据平台，集成了 （SwissProt + Trembl），（GO）， （50,90,100）， 和。 Bio4j为蛋白质相关信息的查询和管理提供了一个全新而强大的框架。 基于图的数据模型的使用使以语义上表示其自身结构的方式存储和查询数据成为可能。 相反，传统的关系模型和数据库必须将它们表示的数据展平到表中，并创建人工ID以连接不同的元组。 在某些情况下，这最终会导致与数据的实际结构几乎没有关系的领域模型。 项目结构和概述 首先，B

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-04
    • 文件大小：4194304
    • 提供者：weixin_42138716

  1. bioconda食谱：bioconda频道的Conda食谱-源码

  2. Bioconda频道 是独立于平台和语言的软件包管理器，可轻松进行软件的分发，安装和版本管理。 是Conda频道，为Linux和Mac OS提供与生物信息学相关的软件包。 该存储库托管相应的配方。 用户指南 请访问了解详细信息。 开发人员指南 有关详细信息，请访问的新文档。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-04
    • 文件大小：28311552
    • 提供者：weixin_42116596

  1. 开放知识：（d）应用程序的去中心化开放链接数据-源码

  2. 开放知识 您的（分散的）应用程序的分散的开放式链接数据。 注意：该库处于早期开发阶段，因此不适合生产使用。 注意：开放知识正在改变架构，因此也在改变API。 Registry将由取代。 总览 OpenKnowledge（OK）为开发人员提供了一种简便的方法，可在其（分散的）应用程序中查询公开可用的链接数据，例如电影的导演和演员（来自dbpedia），一个国家/地区的所有城市的名称或生物信息学研究的结果。 另一方面，它可以使数据生产者直接从订户发布数据，而无需中央授权，也无需维护服务器，这得

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-04
    • 文件大小：316416
    • 提供者：weixin_42128676

  1. 推断：Infer.NET是用于在图形模型中运行贝叶斯推断的框架-源码

  2. 推断网 Infer.NET是用于在图形模型中运行贝叶斯推理的框架。 它也可以用于概率编程。 可以使用Infer.NET解决许多不同种类的机器学习问题-从， 或等标准问题到。 Infer.NET已在许多领域中使用，包括信息检索，生物信息学，流行病学，视觉等。 内容 建立状态 释放 视窗 Linux 苹果系统 安装预构建的二进制文件 Infer.NET的二进制文件位于。 这些二进制文件是跨平台的，可以在支持.NET的任何地方工作，因此无需选择平台。 核心软件包针对.NET Standard

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-04
    • 文件大小：7340032
    • 提供者：weixin_42181888

  1. d2d：为动态系统中的参数估计量身定制的建模环境-源码

  2. Data2Dynamics软件 联系方式：安德烈亚斯Raue - （支持问题，请使用问题和论坛，谢谢！） 引用： Raue A.等。 生物信息学，31（21），3558-3560，2015。 Raue A.等。 一号公报，8（9），e74335，2013。 视频：在此了解如何使用D2D软件轻松进行模型校准。 该视频与一起实时记录在双核笔记本电脑上 使用第一个数据集的示例。 产品特点 主要目的：根据实验数据建立ODE模型。 该软件是为生化React网络设计的，但不仅限于此。 关键特

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-04
    • 文件大小：171966464
    • 提供者：weixin_42100188

  1. 深度学习：适用于《深度学习》的Python，该书为《深度学习》（花书）数学推导，原理剖析与源码等级代码实现-源码

  2. 深度学习 《深度学习》是深度学习领域唯一的综合性图书，全称也叫做深度学习AI圣经（深度学习） ，由三位全球知名专家Ian Goodfellow，YoshuaBengio，AaronCourville编着，全书囊括了数学及相关概念的背景知识，包括线性代数，概率论，信息论，数值优化以及机器学习中的相关内容。同时，它还介绍了工业界中实践者用到的深度学习技术，包括深度前馈网络，正则化，优化算法，卷积网络，序列建模和实践方法等，并研究了某种自然语言处理，语音识别，计算机视觉，在线推荐系统，生物信息学以及视

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-03
    • 文件大小：29360128
    • 提供者：weixin_42132359

  1. 火山：Kubernetes本机批处理系统（CNCF下的项目）-源码

  2. 火山是建立在Kubernetes上的批处理系统。 它提供了许多类别的批处理和弹性工作负载通常需要的一套机制，包括：机器学习/深度学习，生物信息学/基因组学和其他“大数据”应用程序。 这些类型的应用程序通常在与Volcano集成的TensorFlow，Spark，PyTorch，MPI等通用域框架上运行。 Volcano积累了十五年的经验，使用多个系统和平台大规模运行各种高性能工作负载，并结合了开源社区的最佳创意和实践。 注意：调度程序是基于构建的； 有关更多详细信息，请参阅和 。 Volc

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    • 发布日期：2021-02-02
    • 文件大小：16777216
    • 提供者：weixin_42119358

  1. covid19kg：COVID-19知识图：COVID-19病理生理学的可计算，多模式，因果关系知识模型-源码

  2. COVID-19知识图 COVID-19知识图：COVID-19病理生理学的可计算，多模式，因果关系知识模型。 资源资源 此知识图包括以生物表达语言（BEL）编码的COVID-19周围选定语料库的信息。 此处列出。 有关使用的定制术语的更多信息，请参见。 引文 如果您使用COVID-19 KG进行研究，请引用我们的： 丹尼尔·多明戈·费尔南德斯（DanielDomingo-Fernández），舒纳克·巴克西（Shounak Baksi），布鲁斯·舒尔茨（Bruce T Schultz），尤

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-02
    • 文件大小：25165824
    • 提供者：weixin_42131890

  1. viralrecon：汇编和宿主内低频变体，需要病毒样品-源码

  2. 介绍 nfcore / viralrecon是一种生物信息学分析管道，用于执行组装和宿主内/低频变异检测病毒样品。 该管道支持散弹枪（例如，直接从临床样品直接测序）和基于富集的文库制备方法（例如，基于扩增子的；或基于探针捕获）的短读Illumina测序数据。 该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有Docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。 此外，使用AWS云在完整数据集上运行管道的自动化连续集成测试可确保代​​码稳定。 管道摘要

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-02
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42131367

  1. cromwell：科学的工作流引擎，旨在简化和扩展。 从一个用例到大规模生产环境的轻松过渡-源码

  2. 欢迎来到克伦威尔 Cromwell是用于生物信息学的开源工作流管理系统。 许可是 。 。 第一次来克伦威尔吗？ 开始学习。 社区 想为克伦威尔做贡献吗？ 开始阅读我们的。 克伦威尔（Cromwell）具有由社区支持的项目不断发展的生态系统，可以使您的体验更加美好！ 请查看我们的页面以了解更多信息。 与我们交谈： ，讨论Cromwell工作流引擎。 ，讨论WDL语言本身的发展。 提供了有关WDL的更多信息。 能力和路线图 如今，大多数Cromwell用户在完全托管的云原生生物信息计算平

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    • 发布日期：2021-02-02
    • 文件大小：7340032
    • 提供者：weixin_42133415

  1. 回流：用于云中分布式增量数据处理的语言和运行时-源码

  2. 回流是在云中用于增量数据处理的系统。 Reflow使科学家和工程师可以使用普通的编程结构来组合现有工具（打包在Docker映像中）。 然后，Reflow在云环境中评估这些程序，透明地并行化工作并记录结果。 Reflow是在上创建的，用于管理我们在上的NGS（下一代测序）生物信息学工作负载，但也已用于许多其他应用程序，包括模型训练和临时数据分析。 回流包括： 一种功能性的，惰性的，类型安全的领域特定语言，用于编写工作流程程序； 运行时，用于评估Reflow程序，协调集群执行和透明的备忘录；

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-01
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42149153

  1. cLoops：用于3D基因组数据的准确而灵活的循环调用工具-源码

  2. cLoops：ChIA-PET，Hi-C，HiChIP和Trac循环的循环调用 介绍 染色体构象捕获（3C）衍生的高通量测序方法（例如ChIA-PET，HiChIP和Hi-C）提供了染色质组织的全基因组视图。 从这些数据中可以检测到跨越数百千碱基的调节元素相互作用形成的精细环。 在这里，我们介绍了cLoops（“查看循环”），这是一种用于ChIA-PET，HiChIP和高分辨率Hi-C数据的通用循环调用工具。 配对末端标签（PET）首先使用优化的无监督聚类算法分类为自连接和连接间聚类。 然后使用

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-01
    • 文件大小：4194304
    • 提供者：weixin_42102634

  1. DeepCOVIDExplainer：DeepCOVIDExplainer：胸部X射线图像可解释的COVID-19诊断-源码

  2. DeepCOVIDExplainer：胸部X光片可解释的COVID-19诊断 在韩国首尔举行的IEEE国际生物信息学和生物医学会议（BIBM'2020）上接受了“ DeepCOVIDExplainer：胸片影像学可解释的COVID-19诊断”的补充材料。 我们提供了数据集，预处理，网络体系结构以及一些其他结果的详细信息。 不过，我们将提供训练有素的模型，预处理数据，交互式Python笔记本和显示实时演示的Web应用程序。 按照计划，我们会将此仓库更新。 方法 “ DeepCOVIDExplain

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-31
    • 文件大小：11534336
    • 提供者：weixin_42168265

  1. nextflow：用于数据驱动的计算管道的DSL-源码

  2. “数据流变量在并发编程中表现出色” 快速概述 Nextflow是一个生物信息学工作流管理器，可用于开发可移植和可复制的工作流。 它支持在各种执行平台上部署工作流，包括本地，HPC调度程序，AWS Batch，Google Cloud Life Sciences和Kubernetes。 此外，它通过对Conda，Docker，Singularity和模块的内置支持，提供了对管理工作流依赖性的支持。 内容 基本原理 随着大数据的兴起，对大型数据集进行分析和运行实验的技术变得越来越必要。 并行化和分

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-30
    • 文件大小：8388608
    • 提供者：weixin_42121905

  1. r3dmol：:dna:一个R包，用于以3D形式显示分子数据-源码

  2. r3dmol 这是一个R包，它以形式提供对的 。 安装 该软件包仍处于开发初期，所有内容都会经常更改！ 如果您觉得它有用，请在Github上给我加星标，我会加快开发过程！ 您可以使用以下方法从安装r3dmol的发行版本： # Not available now. # install.packages("r3dmol") 以及来自的开发版本： # install.packages("devtools") devtools :: install_github( " swsoyee/r3dm

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-30
    • 文件大小：6291456
    • 提供者：weixin_42112894

  1. 基因组工具：GenomeTools基因组分析系统-源码

  2. Genome工具 GenomeTools基因组分析系统是一个免费的生物信息学工具集合（在基因组信息学领域），组合成一个名为gt二进制文件。 它基于一个名为libgenometools的C库，该库包含用于高效，便捷地实现序列和注释处理软件的各种类。 如果您对基因预测感兴趣，请查看 。 GenomeTools设计为可在每个POSIX兼容的UNIX系统上运行，例如Linux，Mac OS X和OpenBSD。 Debian（正在测试）和Ubuntu（正在运行rar和更高版本）的用户只需使用apt就

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-30
    • 文件大小：15728640
    • 提供者：weixin_42112658

  1. 难题：BEDOPS：高性能基因组特征操作-源码

  2. BEDOPS v2.4.39：高性能基因组特征操作 关于 BEDOPS v2.4.39是一套用于解决基因组研究中提出的常见问题的工具，主要涉及数据集之间的重叠和邻近关系。 它旨在具有可扩展性和灵活性，以促进高效，准确地分析和管理大规模基因组数据。 BEDOPS v2.4.39文档的部分概述了工具包，功能和性能增强。 表提供了所有应用程序和脚本的文档。 资料下载 Linux Mac OS X 源代码 二进制文件 Linux主机的 安装程序包 Mac OS X主机的 （tar.gz） （zi

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-30
    • 文件大小：22020096
    • 提供者：weixin_42144199

  1. snpsea：确定受遗传风险基因座影响的细胞类型和途径-源码

  2. SNPsea：一种识别受风险基因座影响的细胞类型，组织和途径的算法 主页： : 文档： | 可执行文件： 数据： 许可证： 引文 如果您受益于这种方法，请引用： Slowikowski，K。等。 SNPsea：一种识别受风险基因座影响的细胞类型，组织和途径的算法。 生物信息学（2014）。 doi： 请在此处查看算法的第一个说明和其他示例： Hu，X。等。 将自身免疫风险基因座与基因表达数据相结合，可以鉴定出特定的致病性免疫细胞亚群。 美国人类遗传学杂志89，496–

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-28
    • 文件大小：6291456
    • 提供者：weixin_42157166

  1. 应用Q-gram命中特征优化的近似串匹配算法

  2. 近似串匹配是文本检索、生物信息学和信号处理等领域的研究基础。为提高近似串匹配速度，采用分块的方法从匹配串中提取了新的q-gram命中特征，结合新特征提出了一种新的近似串匹配算法。实验数据表明新算法消耗了少量的过滤时间就获得了较高的过滤效率，结果显示新算法在各种匹配错误率下的匹配速度一直比经典的SWIFT算法快。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-27
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_38748263
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