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搜索资源列表

  1. MEGA6.06序列比对进化树分析软件.rar

  2. 软件介绍: MEGA6.06是分子生物学中应用研究中很基础的一个免费转件，安装后可支持fasta、txt的序列文件格式； 主要功能是对核酸、蛋白质的序列比对、序列分析和进化树作图等分析计算；

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2019-09-03
    • 文件大小：38797312
    • 提供者：weixin_38744435

  1. Chromas(DNA测序分析软件) v2.6.5官方版 win+mac平台

  2. Chromas是一款专业好用的DNA测序分析软件，使用这款软件可以方便用户对DNA的峰形图进行查看和编辑操作，软件支持ab1、scf以及ztr格式的图谱文件，并支持自动删除低质量序列（当质量数据可用时）或矢量序列，除此之外，软件还可以按照FASTA，FASTQ，EMBL，GenBank或​​GCG格式、文本格式来导出，有需要的用户欢迎下载。

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2020-08-19
    • 文件大小：59768832
    • 提供者：Hadoop27

  1. biopython批量下载数据

  2. 利用文本文件中的序列ID从NCBI批量下载fasta或Gb格式的基因序列

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2020-12-22
    • 文件大小：3072
    • 提供者：Lee7611

  1. bioinf-commons:Kotlin中的生物信息学图书馆-源码

  2. 生物常见病 生物信息学图书馆。 内容 org.jetbrains.bio.dataframe像org.jetbrains.bio.dataframe大熊猫 org.jetbrains.bio.experiment命名计算-实验和资源配置 org.jetbrains.bio.genome用于基因组，序列，基因，本体等的API。 containers -基因组位置集API coverage -基因组覆盖率API，配对/单端，片段大小估计 data -描述任何种类的数据集资源，包括重复数据 for

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-22
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42133969

  1. dataset-creator:接收SeqRecordExpanded对象并创建系统发育软件的数据集-源码

  2. 系统发育软件的数据集创建者 测试 包裹 Dataset-Creator-创建多种格式的系统发育数据集的简便方法 文档： 接收SeqRecordExpanded对象并创建系统发育软件的数据集，例如MrBayes，TNT，BEAST，RAxML，MEGA等。 特征 以以下格式创建数据集：FASTA，GenBankFASTA，NEXUS，TNT，MEGA和Phylip。 可以生成DNA和氨基酸序列的数据集。 可以生成简并序列的数据集。 它可以按密码子位置或基因对数据集进行分区。 快速开始 第一的：

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：168960
    • 提供者：weixin_42117485

  1. bio-tools:小型，单一用途的生物信息学工具的集合-源码

  2. 生物工具 小型，单一用途的生物信息学工具的集合。 内容 bold2qiime 命令行脚本，用于将格式的数据下载转换为的未对齐fasta和分类法文件，以供q2-feature-classifer使用。 目前正在提取COI-5P序列并在格式化之前推断王国。支持任何纯文本的定期定界文件以及多页excel文件作为输入。 用法： bold2qiime.py -h

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：17408
    • 提供者：weixin_42134143

  1. bioruby-polymarker:PolyMarker的Web界面-源码

  2. PolyMarker 这是一个便于使用PolyMarker的服务器。 系统依赖 该服务器是使用rails 5.1上的ruby 2.4开发的。 其他版本也可以使用，但未经测试。 PolyMarker已在MacOS X和Linux（Ubuntu）上进行了测试。 PolyMarker使用sidekiq排队，这也取决于redis 。 您需要安装ncbi-blast 。 设置服务器。 首先要做的是加载不同的引用 rake reference:add[references.yml] 该文件的格式为y

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-16
    • 文件大小：844800
    • 提供者：weixin_42099942

  1. genome-file-handler-源码

  2. 基因组文件处理程序 笔记 该项目被编码为我的论文项目的子项目。 它用作加载和写入参考基因组数据（* .fa / *。fna），读取数据（* .sam）和变异数据（* .vcf）的工具API。 加载后，所有数据都应该更容易且更清晰地访问。 （尚未添加有关处理数据的功能，因为我的项目中不需要这些功能。） 参考基因组数据（* .fa / *。fna / *。fasta文件） 格式规格 该格式与人类参考基因组的正式发布有关。 （版本：GRCh38） 尽管没有找到详细的格式手册，但我尝试识别格式规范并使

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-15
    • 文件大小：11534336
    • 提供者：weixin_42140716

  1. motif-mark-oop:将过程代码转换为面向对象程序的练习-源码

  2. 图案标记（OOP） 一个在外显子及其5'和3'内含子图像上绘制蛋白质结合基序的Python脚本 最多可处理六个图案，其中可能包含简并碱基（IUPAC符号）。 以svg格式输出单个图形。 使用以下参数从命令行调用motif-mark-oop.py ： -f, --fasta FASTA file containing sequences of interest -m, --motifs Text file containing up to six motifs, one mot

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-10
    • 文件大小：18432
    • 提供者：weixin_42127775

  1. seqkit:跨平台，超快速的工具包，用于在Golang中操纵FASTAQ文件-源码

  2. SeqKit-用于FASTA / Q文件操作的跨平台超快速工具包 文档： : （，，和） 源代码： : 最新版本： ： 介绍 FASTA和FASTQ是用于存储核苷酸和蛋白质序列的基本且普遍存在的格式。 FASTA / Q文件的常见操作包括转换，搜索，过滤，重复数据删除，拆分，混排和采样。 现有工具仅实现了其中一些操作，而没有特别有效地实现，而某些工具仅可用于某些操作系统。 此外，所需软件包和运行环境的复杂安装过程会使这些程序的用户友好性降低。 该项目描述了用于FASTA / Q处理的跨

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-07
    • 文件大小：29360128
    • 提供者：weixin_42119281

  1. ArDCAData:ArDCA软件包的配套数据存储库-源码

  2. ArDCA软件包的数据。 软件包的伴侣存储库。 该存储库包含五个多重序列比对（PF00014，PF00072，PF00076，PF00595，PF13354）的数据。 数据包含在data文件夹中： 对齐方式为fasta.gz （fasta gzip压缩格式）。 *_struct.dat文件中的参考联系人地图。 格式为纯ASCII文本。 残渣i,j （分别为第一列和第二列）之间的距离（以埃为单位）在第四列中。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-06
    • 文件大小：66060288
    • 提供者：weixin_42157556

  1. bon鱼：Bonito-牛津纳米Kong阅读的PyTorch Basecaller-源码

  2. 鲣 牛津纳米Kong读取的PyTorch Basecaller。 $ pip install ont-bonito $ bonito basecaller dna_r9.4.1 /data/reads > basecalls.fasta 如果以.fasta或.mmi格式提供参考，则bonito将以sam格式输出。 $ bonito basecaller dna_r9.4.1 --reference reference.mmi /data/reads > basecalls.s

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-24
    • 文件大小：55296
    • 提供者：weixin_42139252

  1. jcmDNAtools：基于pythonpandas的实用程序，用于分析高通量DNA测序数据-源码

  2. DNA分类器 我将NLP分类器代码与生物信息学代码结合在一起，以识别参考基因组中重复出现的DNA图案，并训练神经网络在两个样本之间进行分类。 1.learnMotifs.py研究了两个参考基因组并确定了指定长度的前100个重复基序 2.tokenizeFastQ.py适用于fastA或fastQ原始数据格式，并使用1中的主题对其进行标记化 3.trainDNAclassifier.py接受来自2的标记化数据，并训练神经网络在两者之间进行分类。 这提供了程序上可扩展的数据管道，可以直接从Ill

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-21
    • 文件大小：14680064
    • 提供者：weixin_42131890

  1. mbgc：多细菌基因组压缩器（MBGC）-源码

  2. MBGC：多细菌基因组压缩器 多细菌基因组压缩器（MBGC）是一种以FASTA（或gzip压缩FASTA）输入格式压缩基因组的工具。 它专为快速高效压缩细菌物种集合而设计。 实现： 支持gz存档作为输入， 保留压缩文件的文件夹结构，以及 每行将DNA流解压缩80个碱基， 也可以处理非细菌类的FASTA。 在Linux上安装 mbgc需要库才能工作（为Debian和Ubuntu示例 ）。 以下步骤将创建mbgc可执行文件。 在Linux上， mbgc构建要求安装的cmake版本>

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-17
    • 文件大小：217088
    • 提供者：weixin_42133680

  1. PDBencode：将PDB结构编码为结构字母序列-源码

  2. PDBencode：使用结构字母编码PDB结构 该软件包提供了将给定的PDB结构编码为结构字母（SA）字符串的功能。 用法 在包含PDB文件的目录中使用脚本Rscr ipts / pdbencode.R ： Rscr ipt pdbencode.R 该目录中的所有PDB文件（扩展名为“ .pdb”）都将被处理。 每个结构.pdb都会产生一个编码的_sa.fasta文件，该文件每条链包含一个SA序列。 SA序列标头的格式为|。 版权持有人，作者和维护者 2021年Jens Kleinjung（

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-14
    • 文件大小：41984
    • 提供者：weixin_42168341

  1. app-template：这是使用SeqAn3的应用程序开发人员的模板。 您可以轻松克隆此存储库，并根据需要修改现有代码。 它为所有SeqAn3应用程序提供基本设置-源码

  2. SeqAn3应用程序模板 这是使用SeqAn3的应用程序开发人员的模板。 您可以轻松克隆此存储库，并根据需要修改现有代码。 它为所有SeqAn3应用程序提供基本设置。 示例应用程序是FastQ到FastA文件格式转换器。 它示例性地演示了测试用例，文档和构建基础结构的设置。 可能您想使用不同的名称命名-只需在下面用您的应用名称替换fastq_to_fasta即可。 请注意，如果您使用单个项目名称而不修改测试文件中的名称，则命令行界面测试将失败。 指示： 克隆此存储库： git clone

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：51200
    • 提供者：weixin_42131439

  1. PrimerDesigner-源码

  2. 底漆设计师 Primer Designer是一个Python脚本，用于使用Primer3设计基因的引物。 全序列版本（FullDesigner.py）包含基因和侧翼区域的FASTA文件，格式为： >Gene_name atcgGATCtgac 侧翼区域为小写字母，而基因/编码序列为大写字母。 侧翼序列版本（FlankingDesigner.py）采用带有基因片段的侧翼区域的FASTA文件，格式为： >Gene_name_LF atcgGA >Gene_name_RF T

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-09
    • 文件大小：7168
    • 提供者：weixin_42160645

  1. tree_move_examples-源码

  2. 用于在树移动示例上测试UShER。 运行python makeTreeMoveTestExamples.py 来产生一组2个与给定示例相对应的fasta文件，其中一个文件的所有样本都位于初始树中，一个文件中的所有样本都将添加。 示例文件应遵循以下格式： 面积S1 m1，m2，m3 S2平方米S3 m1，m3，m4，m5 S4 m1，m2，m3，m5，m6 S5 m1，m3，m5，m6 S6 m1，m5，m6 S7 m5，m6 S8 m6 等，以？结尾的突变转换为代表参考或替代的IUPAC。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-09
    • 文件大小：5242880
    • 提供者：weixin_42120563

  1. 核心：用于读取和写入基因组数据的Python和C ++代码-源码

  2. 核 Nucleus是一个Python和C ++代码库，旨在使您可以轻松读取，写入和分析常见基因组文件格式（如SAM和VCF）的数据。 此外，Nucleus支持与TensorFlow机器学习框架的轻松集成，因为在消耗或产生基因组文件的任何地方，都可以使用TensorFlow tfrecords文件代替。 讲解 请查阅有关教程。 这是一本Python笔记本，真正展示了Nucleus在整合多种文件类型（BAM，VCF和Fasta）中的信息并将其转变为TensorFlow可用形式时的强大功能。 轮询 以

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-06
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42157188

  1. 实验室生物信息学：大学工作。 适用于长DNA序列的近似比对仪。 通过最小化器和MinHash从k-mers估计Jaccard相似度，然后将其用作序列身份代理-源码

  2. 将长读映射到大型参考数据库 这是FER（ ）上的生物信息学课程的一个项目。 描述实现算法的论文可以在 找到，其C ++实现。 随着作者对算法的改进，C ++实现似乎与本文的描述有所不同。 安装 该程序的依赖项全部捆绑在./pom.xml ，因此将自动下载。 您只需要在计算机上安装Maven。 从项目根目录运行mvn package应该足以将程序安装在./target下。 运行程序 该程序需要两个参数，即FASTA文件格式的引用和查询（提供的FASTA文件不应包含任何注释）。 您可以通过发出

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-06
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42153793
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