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搜索资源列表

  1. mega6 setup - 序列比对 进化树分析

  2. 分子生物学中很基础的一个免费转件，可支持fasta、txt的序列文件格式； 可进行核酸、蛋白质的序列比对、序列分析和进化树作图等分析；

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2016-12-30
    • 文件大小：38797312
    • 提供者：cory010

  1. FinchTV.rar

  2. finchtv是任何处理DNA序列数据的人的工具。它用于从最流行的格式读取色谱文件。只需拖放ab1或SCF文件，甚至用gzip压缩的文件，进入查看窗口显示一个多色序列。finchtv还显示质量值，当可用时，可以在单视图和multipane视图中调整垂直和水平方向的比例。使用finchtv ，可以打印数据、编辑数据、导出fasta

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2017-08-18
    • 文件大小：4194304
    • 提供者：houchuanrong

  1. mega x 10.0.2 win64

  2. 分子生物学中很基础的一个免费转件，可支持fasta、txt的序列文件格式； 可进行核酸、蛋白质的序列比对、序列分析和进化树作图等分析；

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2018-06-20
    • 文件大小：84934656
    • 提供者：weixin_42492895

  1. biopython中文文档

  2. Biopython 工程是一个使用Python 来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python 是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言，在计算机科学中日益流行。Python 易学，语法明晰， 并且能很容易的使用以C，C++ 或者FORTRAN 编写的模块实现扩展。 Biopython 官网(http://www.biopython.org) 为使用和研究生物信息学的开发者提供了一个在线的资源 库，包括模块、脚本以及一些基于Python 的软件的

  3. 所属分类：Python

    • 发布日期：2019-04-09
    • 文件大小：3145728
    • 提供者：wbadyx

  1. blast.pl 陈连福的生物信息分析Perl程序

  2. Usage: /home/chenlianfu/chenlianfu_scr ipts/blast.pl [options] BLAST_DB file.fasta > out.txt --tmp-prefix default: blast 设置临时文件或文件夹前缀。默认设置下，程序生成command.blast.list，blast.tmp/等临时文件或目录。 --chunk default: 10 设置每个数据块的序列条数。程序会将输入FASTA文件中的序列从前往后分割成多份，每

  3. 所属分类：讲义

    • 发布日期：2019-09-27
    • 文件大小：7168
    • 提供者：abccnfh

  1. parsing_blast_result.pl

  2. Usage: /home/chenlianfu/chenlianfu_scr ipts/parsing_blast_result.pl [options] blast.out > blast.tab 对BLAST的xml或tab格式的结果进行解析和过滤，得到更准确的BLAST结果。结果为表格形式（BLAST outfmt6），结果按query序列的ID排序，每个query序列的比对结果按得分排序。 --type default: xml 设置输入BLAST结果文件的类型。可以设置为xm

  3. 所属分类：讲义

    • 发布日期：2019-09-27
    • 文件大小：16384
    • 提供者：abccnfh

  1. 序列去冗余_tine_location.py

  2. 输入格式为fasta类型的序列文件。序列名字要用制定的分隔符，标注好时间和地点信息。 本脚本程序由python编写，可以滤除掉序列文件中相同的DNA信息相同时间信息的序列。只保留时间地点序列至少有一个不一样的序列

  3. 所属分类：Python

    • 发布日期：2020-05-14
    • 文件大小：500
    • 提供者：hu271991

  1. analysys_of_biological_sequences:一个存放我的生物信息学学位课程单元“生物序列分析”文件的资源库-源码

  2. 这是什么？ 该存储库用于保存课程单元“生物序列分析”的所有作业。 作业1 编写一个小脚本来检索以下序列： ­Uses the Entrez API Allows the user to choose which database to query ­Allows the user to pass a search term ­Takes user input as command line arguments ­Uses the "history" API feature ­The res

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-14
    • 文件大小：1024
    • 提供者：weixin_42131013

  1. NWAlignment:Needleman-Wunsch比对工具，用于成对序列比对-源码

  2. #NWAlignment 该工具旨在根据执行成对序列比对。 当前程序版本使用简单的评分系统，其中差距和不匹配得分为-1，匹配定义为+1。 ＃＃＃要求： > =版本3.10 C ++ 20标准 编译： 导航到“代码”目录cd Code 创建一个名为“ build”的文件夹mkdir build 导航到新生成的文件夹cd build 使用cmake编译项目cmake .. 生成可执行文件make 运行程序，如下所示 ###用法：允许的参数： 短的 长 类型 描述 -一世

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-14
    • 文件大小：19456
    • 提供者：weixin_42168830

  1. multimodal-dataset:用于生成多模式CAFA基准测试集的代码和最少数据-源码

  2. 多峰数据集 代码，用于生成多模式基准测试集的最少数据。 1.选择样本进行培训，测试，验证 阈值序列同一性，以避免基于同源性的过度拟合。 为此，从获得.fasta格式的一组带注释的序列，并将其聚类（使用cdhit ），直到某个序列同一性阈值（例如40％）。 聚类后​​，由每个聚类中的质心组成的蛋白质集即为完整数据集。 这些蛋白质在.fasta的输出.fasta文件中cdhit 。 将该数据集适当地划分为训练集，验证集和保持集。 请记住，如果保持集是预先确定的，则必须删除其聚类中包含测试集成员的

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-10
    • 文件大小：29360128
    • 提供者：weixin_42121272

  1. FastMLST::high_voltage::dna:FastMLST-源码

  2. 快速MLST 多核多基因座序列分型工具，结合等位基因串联。 介绍 FastMLST是用Python3编写的高速独立脚本，它采用FASTA格式的程序集（也允许压缩），并根据定义的MLST方案确定其ST。 与其他ST确定程序相比，主要优点是FastMLST允许生成FASTA文件，该文件包含所有已分析的基因组的串联等位基因，这些基因组已准备好进行比对并用于系统发育推断。 您可以在我们的阅读有关MLST分析的完整指南。 安装 当前，安装此脚本的唯一方法是使用Conda。 conda config

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-07
    • 文件大小：27648
    • 提供者：weixin_42157166

  1. lrgasp-simulation-源码

  2. 用于模拟RNA测序数据的管道 关于管道 该管道旨在根据提供的参考数据和表达谱模拟包括PacBio，Oxford Nanopore和Illumina读数在内的RNA测序数据集。 基本上，它是几个模拟工具的包装： 管道包括3个主要步骤： 准备参考数据，包括插入人工新型同工型。 通过将任何哺乳动物参考转录本定位到您的基因组（人类或小鼠）上并用处理，这些“新”同工型。 量化转录本丰度，这需要任何真实的长期阅读RNA数据集。 生成模拟读物和补充信息，这些信息仅对评估人员可用。 要求 python3

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-05
    • 文件大小：491782144
    • 提供者：weixin_42160425

  1. ncbi_downloader-源码

  2. ncbi_downloader 一个简单的脚本，用于以fasta格式下载ncbi序列。 先决条件 生物蟒 pip install biopython 指示 使用python3运行，第一个参数是数据库，第二个参数是search_term（如果有空格，则带“”）。 例子： python3 ncbi_downloader.py nucleotide "Psammodromus algirus[organism], cytb[gene]" 作者 罗德里戈·戈麦斯（Rodrigo Gomes） 迪

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-21
    • 文件大小：1024
    • 提供者：weixin_42127369

  1. 精确模式匹配-源码

  2. 精确模式匹配 基本中值字符串搜索 该项目实现了三种不同的精确模式匹配算法，并比较了它们之间的性能。 实现的算法是： 蛮力搜索 克努斯·莫里斯·普拉特 拉宾·卡普 演算法 输入：两个字符串T和P，其中| T | > = | P | 。 这两个字符串将以FASTA格式在两个文件中给出。 请注意，FASTA文件允许单个字符串以多行表示。 必须使用-i标志传递T文件，并且必须使用-p标志传递P文件。 输出：对于要实施的四种算法，请报告： P是否在T中，如果是，则为P在T中的位置（基于1的坐

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-18
    • 文件大小：4096
    • 提供者：weixin_42166626

  1. RNABayesPairing2：BayesPairing的版本2-源码

  2. BayesPairing2 ：按序列和比对识别RNA 3D模块 该软件包包括用于以下目的的工具： 识别序列中的RNA 3D模块 创建自己的BayesPairing模型 RNA 3D模块绘图 分别搜索许多序列中的模块（fasta格式） 搜索路线中的模块（斯德哥尔摩格式） 按已知二级结构顺序识别模块。 注意：当前正在构建和测试用户友好的API。 下面描述的样本用法仍在改进中。 BayesPairing2被接受RECOMB 2020 该文章可在biorxiv上找到： ://www.bior

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-15
    • 文件大小：49283072
    • 提供者：weixin_42121905

  1. TooT-M：检测膜蛋白的综合方法-源码

  2. TooT-M 该工具预测转运蛋白。 输入：Fasta格式的蛋白质序列输出：预测位置，1 =膜，0 =非膜 训练数据集可以在找到 资料夹 有许多文件夹支持TooT-M及其输出的运行。 中间文件 包含提取特征所需的同源性详细信息。 此处找到每个序列的psiBlast hits详细信息。 MSA_TPAAC / MSA_TPAAC ：包含测试集的已提取MSA_TPAAC功能 D b 包含执行BLAST时要使用的数据库。 src 使用该工具所需的脚本。 如何使用 此工具要求预先安装BLAST

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：288358400
    • 提供者：weixin_42126274

  1. GPUKMM：用于宏基因组学的k-Markov模型的GPU实现-源码

  2. 图形处理器 语言：CUDA 输入：TXT（输入值列表） 输出：TXT（最佳得分顺序列表） 经过测试：PluMA 1.0，CUDA 10 PluMA插件运行k-Markov模型（kMM），以针对一组给定的目标序列中的每一个，在一组宏基因组学序列数据上找到最佳匹配。 请注意，这是另一个插件（KMM）的GPU实现，对于测试的硬件配置，其运行速度可以快2-3倍。 插件希望输入包含三个数据的文件，每个数据都位于单独的行中： （马尔可夫模型的阶数或k值）（数据库目录，其中包含序列每个位置的一组权重文

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：40894464
    • 提供者：weixin_42175776

  1. SARS-CoV2-variant-calling-example：一个具有教育意义的示例，该示例使用SARS-CoV2基因组，使用带有短读Illumina数据的调用变体-源码

  2. SARS-CoV2变量调用示例 该存储库包含用于对SARS-CoV2数据执行示例变体调用分析的代码和指令。 分析中使用的所有数据均可公开获得。 步骤1 下载并安装 第2步 克隆此存储库： git clone https://github.com/davidecarlson/SARS-CoV2-variant-calling-example.git 第三步 使用提供的环境文件，使用此分析中所需的软件创建新的conda环境： conda env create -f environment.ya

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-08
    • 文件大小：48128
    • 提供者：weixin_42141437

  1. covseq：CoV-Seq：COVID-19基因组序列数据库和可视化-源码

  2. CoV-Seq：COVID-19基因组序列数据库和可视化 1.克隆存储库 git clone CoV-Seq是在python 3.7编写和测试的，理论上应可与任何python 3版本一起使用。 CoV-Seq与python 2不兼容。 CoV-Seq已在Ubuntu 18.04.4，macOS Catalina和Windows 10上进行了测试。 注意：如果您使用的是Windows，请在继续操作之前参考README_win_os.md以获取更多说明。 2.初步 2.1 Shell依赖 对

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-31
    • 文件大小：243269632
    • 提供者：weixin_42131352

  1. RPCT:基于RAAC-PSSM的蛋白质分类预测工具包-源码

  2. PCT 基于RAAC-PSSM的蛋白质分类预测工具包 介绍 RPCT工具箱是基于RAAC-PSSM蛋白分类预测方法的专用工具箱。 它使用7种特征提取方法和SVM进行蛋白质分类预测。 快速开始 RPCT软件包是用Python编写的。 建议使用来管理python软件包。 或者，请确保以下所有软件包均已安装在其Python环境中：ray，sklearn，blast。 # install packages by conda conda install package_name # install b

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-30
    • 文件大小：10485760
    • 提供者：weixin_42138788
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